[发明专利]与抗体关联的寡核苷酸

权利要求书

1.一种用于样品鉴定的方法，所述方法包括：

使多于一个样品中的每一个分别与多于一种样品索引组合物中的样品索引组合物接触，

其中所述多于一个样品中的每一个包含一个或更多个细胞，每一个细胞包含一种或更多种细胞组分靶，其中所述样品索引组合物包含与样品索引寡核苷酸关联的细胞组分结合试剂，其中所述细胞组分结合试剂能够与所述一种或更多种细胞组分靶中的至少一种特异性结合，

其中所述样品索引寡核苷酸包含样品索引序列，并且其中所述多于一种样品索引组合物中的至少两种样品索引组合物的样品索引序列包含不同的序列；并且

基于所述多于一种样品索引组合物的至少一种样品索引寡核苷酸的样品索引序列鉴定所述一个或更多个细胞中的至少一个细胞的样品来源。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸包含以下中的一种或更多种：

(a)第一分子标记序列，任选地，其中所述第一分子标记序列的长度是2-20个核苷酸；

(b)与多(dA)区相邻的对齐序列，任选地，其中所述对齐序列的长度是一个或更多个核苷酸，或两个或更多个核苷酸；和

(c)接头，其中所述样品索引寡核苷酸通过所述接头与所述细胞组分结合试剂关联。

3.根据权利要求2所述的方法：

其中至少两种样品索引寡核苷酸的第一分子标记序列是不同的，并且其中所述至少两种样品索引寡核苷酸的样品索引序列是相同的；和/或

其中至少两种样品索引寡核苷酸的第一分子标记序列是不同的，并且其中所述至少两种样品索引寡核苷酸的样品索引序列是不同的。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述样品索引寡核苷酸包含以下序列：第一通用引物、其互补序列、其部分序列或其组合，任选地，其中所述第一通用引物的长度是5-50个核苷酸。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述第一通用引物包括扩增引物、测序引物或其组合，任选地，其中所述测序引物包括P7测序引物。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中鉴定所述至少一个细胞的样品来源包括：

使用多于一种条形码将所述多于一种样品索引组合物的样品索引寡核苷酸条形码化，以产生多于一种条形码化样品索引寡核苷酸；

获得所述多于一种条形码化样品索引寡核苷酸的测序数据；并且

基于所述测序数据中所述多于一种条形码化样品索引寡核苷酸中的至少一种条形码化样品索引寡核苷酸的样品索引序列鉴定所述细胞的样品来源。

7.根据权利要求6所述的方法，其中鉴定所述至少一个细胞的样品来源包括鉴定所述测序数据中至少一种样品索引寡核苷酸或至少一种条形码化样品索引寡核苷酸的样品索引序列的存在或不存在。

8.根据权利要求7所述的方法，其中鉴定所述样品索引序列的存在或不存在包括：

使用所述第一通用引物、包含所述第一通用引物的序列的第一引物或其组合复制所述至少一种样品索引寡核苷酸、所述至少一种条形码化样品索引寡核苷酸或其产物，以产生多于一种复制的样品索引寡核苷酸；

获得所述多于一种复制的样品索引寡核苷酸的测序数据；并且

基于所述测序数据中对应于所述至少一种样品索引寡核苷酸或所述至少一种条形码化样品索引寡核苷酸的所述多于一种复制的样品索引寡核苷酸中的复制的样品索引寡核苷酸的样品索引序列鉴定所述细胞的样品来源。

9.根据权利要求8所述的方法，

其中复制所述至少一种样品索引寡核苷酸以产生所述多于一种复制的样品索引寡核苷酸包括：在复制所述至少一种条形码化样品索引寡核苷酸之前，将复制衔接子连接至所述至少一种条形码化样品索引寡核苷酸，并且

其中复制所述至少一种条形码化样品索引寡核苷酸包括使用连接至所述至少一种条形码化样品索引寡核苷酸的复制衔接子复制所述至少一种条形码化样品索引寡核苷酸，以产生所述多于一种复制的样品索引寡核苷酸。