[发明专利]检测阿尔兹海默症肠道菌群标志物的表达丰度的方法和装置

权利要求书

1.一种检测阿尔兹海默症肠道菌群标志物的表达丰度的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

(1)根据阿尔兹海默症肠道菌群标志物设计特异性引物，以待测样本的DNA为模板进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

(2)将所述PCR扩增产物构建文库并进行高通量测序，得到的测序数据进行质控和OTU聚类，并计算OTU序列的相对丰度；

(3)将OTU序列与16S rRNA参考基因组进行比对，确定OTU序列的菌属类型，得到不同菌属的相对丰度。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阿尔兹海默症肠道菌群标志物包括梭状杆菌属(Clostridium)、艾克曼菌属(Akkermansia)、Allobaculum、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、Devosia、颤螺菌属(Oscillospira)、Odoribacter或瘤胃球菌属(Ruminococcus)中的任意一种或至少两种的组合；

优选地，所述阿尔兹海默症肠道菌群标志物包括梭状杆菌属(Clostridium)、艾克曼菌属(Akkermansia)、Allobaculum、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、Devosia、颤螺菌属(Oscillospira)、Odoribacter和瘤胃球菌属(Ruminococcus)。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述OTU聚类根据序列的一致性进行聚类。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述序列的一致性大于97％形成一个OTU。

5.一种检测阿尔兹海默症肠道菌群标志物的表达丰度的装置，其特征在于，所述装置包括：

PCR扩增单元：用于采用阿尔兹海默症肠道菌群标志物的特异性引物，以待测样本的DNA为模板进行PCR扩增；

高通量测序单元：用于对PCR扩增产物进行文库构建和高通量测序；

聚类和丰度计算单元：用于将测序数据进行质控处理和OTU聚类，并计算OTU序列的相对丰度；

菌属确定单元：用于将OTU序列与16S rRNA参考基因组进行比对，确定OTU序列的菌属类型。

6.根据权利要求5所述的装置，其特征在于，所述阿尔兹海默症肠道菌群标志物包括梭状杆菌属(Clostridium)、艾克曼菌属(Akkermansia)、Allobaculum、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、Devosia、颤螺菌属(Oscillospira)、Odoribacter或瘤胃球菌属(Ruminococcus)中的任意一种或至少两种的组合；

优选地，所述阿尔兹海默症肠道菌群标志物包括梭状杆菌属(Clostridium)、艾克曼菌属(Akkermansia)、Allobaculum、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、Devosia、颤螺菌属(Oscillospira)、Odoribacter和瘤胃球菌属(Ruminococcus)。

7.根据权利要求5或6所述的装置，其特征在于，所述OTU聚类根据序列的一致性进行聚类。

8.根据权利要求7所述的装置，其特征在于，所述序列的一致性大于97％形成一个OTU。

9.权利要求5-8任一项所述的装置在制备阿尔兹海默症诊断试剂和/或诊断医疗设备中的应用。

10.权利要求5-8任一项所述的装置在筛选阿尔兹海默症治疗药物和/或预防药物中的应用。