[发明专利]一种筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法

权利要求书

1.一种筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤(1)：对不同组学数据内容，以差异基因/蛋白，或，以差异基因/蛋白并集为总目标集，筛选出与研究相关的指标，根据所述指标的生物学意义进行赋值；

步骤(2)：对打分算法进行参数设置和指标权重设置，对总目标集的各个指标进行综合打分；

所述步骤(2)中，对所有指标施以相同权重，或根据研究背景或实际指标贡献不同设置不同权重；所述设置各指标权重的算法步骤如下：

确定目标集、各指标及其具体初始数值后，基于修改之后的string打分方法进行综合打分：

1)设定prior值为0.011；定义一个prior_corrected公式：如果输入打分值score小于prior，则score＝prior，定义prior_corrected＝(score-prior)/(1-prior)；

2)每个指标的原始值乘以0.9作为该指标下一步的输入值；

3)根据1)中的公式，以2)中的数值为输入值，计算各个指标的prior_corrected值；

4)定义combined_score_one_minus为1减去各个指标prior_corrected值之后得到的各个值的乘积；

5)定义combined_score1＝1-combined_score_one_minus；

6)定义combined_score2＝combined_score1*(1-prior)；

7)定义combined_score3＝combined_score2+prior；

8)定义Score＝combined_score3*1000；

9)最终的Score即为最终总分；

步骤(3)：对综合得分top N的基因/蛋白，进行表达和功能上的复现和展示，根据结果返回验证筛选的准确性；

步骤(4)：将关键词与top N基因/蛋白建立关联字典，根据文献、研究者反馈、人工校正和功能验证方法，获取top N基因/蛋白对关键词的贡献度、重要性和关键性，对字典数据库中的top N基因/蛋白进行赋值，作为同物种同关键词关键基因筛选的可选指标，实现不断修正和完善。

2.如权利要求1所述的筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，其特征在于，步骤(1)中，所述指标包括：研究相关关键词、差异分组中出现频次、转录因子及调控靶基因、蛋白互作、可变多聚腺苷酸化DaPars、多组差异分析TCC、差异可变剪切及本地数据库字典。

3.如权利要求2所述的筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，其特征在于，步骤(1)中，所述赋值的范围为0-1。

4.如权利要求3所述的筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，其特征在于，

对于所述研究相关关键词、转录因子和本地数据库字典，有或是，则赋值为1；无或否，则赋值为0；

对于所述转录因子靶基因的个数，蛋白互作中互作蛋白的个数，可变多聚腺苷酸化DaPars、差异分组，差异可变剪切，以所有数值或频次除以其中的最大值进行赋值；

对于所述多组差异分析TCC中基因差异显著性排序，排名数值为正整数，从1到最大值，以最大排名数值加上0.1，减去其排名数值，再除以最大排名数值进行赋值。

5.如权利要求1所述的筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，其特征在于，若需要对指标设置不同权重，则需将权重值设置在0-1之间，各指标权重值总和为1；

其中，步骤2)需修改为：每个指标的原始值乘以该指标的权重值作为该指标下一步的输入值。

6.如权利要求1所述的筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，其特征在于，所述步骤(3)中，所述展示的内容包括top N基因/蛋白的表达，差异表达和注释信息，表达变化水平变化图，表达聚类热图，PCA图，GO及KEGG富集，蛋白互作以及转录因子注释及靶基因调控分析。