[发明专利]一种用于肿瘤样本NGS检测流程的质控系统和方法有效
| 申请号: | 202011291492.6 | 申请日: | 2020-11-18 |
| 公开(公告)号: | CN112102882B | 公开(公告)日: | 2021-02-12 |
| 发明(设计)人: | 史善甫;丁首太;严志祥;沈伟强;罗鹏;蔡丽君 | 申请(专利权)人: | 上海鼎晶生物医药科技股份有限公司 |
| 主分类号: | G16B30/00 | 分类号: | G16B30/00;G16B25/20;G06N3/00 |
| 代理公司: | 北京哌智科创知识产权代理事务所(普通合伙) 11745 | 代理人: | 蒋辉 |
| 地址: | 200000 上海市*** | 国省代码: | 上海;31 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 用于 肿瘤 样本 ngs 检测 流程 系统 方法 | ||
1.一种用于肿瘤样本NGS检测流程的质控系统,包括实验数据存储系统、质控数据计算系统、质控数据统计系统和质控结果展示系统,其特征在于:所述实验数据存储系统与所述质控数据计算系统信号相连,所述质控数据计算系统与所述质控数据统计系统信号相连,所述质控结果展示系统与所述质控数据统计系统信号相连,其中:
所述实验数据存储系统用于以临床样本为项目编号,存储实验中产生的实验数据,分析流程产生的数据,以及质控结果信息;所述实验数据存储系统包括登录模块、数据存储API接口、数据下载API接口和数据库管理模块;所述登录模块用于用户的登录;所述数据存储API接口用于获取数据的上传;所述数据下载API接口用于数据的下载;所述数据库管理模块用于对录入的数据进行管理;
所述质控数据计算系统用于对肿瘤样本检测流程中的实验数据进行处理,计算历史样本实验过程中不同步骤的细胞数,利用不同步骤的细胞数生成比值,把比值特征与各步骤的细胞数原特征一起合并,并将历史样本的质控结果进行量化,生成处理的历史样本数据集;
计算待测样本实验过程中不同步骤的细胞数,利用不同步骤的细胞数生成比值,把比值特征与各步骤的细胞数原特征一起合并,生成处理的待测样本数据集;
所述质控数据计算系统包括第一数据读取模块、数据整理模块、数据计算模块和数据输出模块,所述第一数据读取模块与所述数据库管理模块信号相连,所述数据整理模块与所述第一数据读取模块信号相连,所述数据计算模块与所述数据整理模块信号相连,所述数据输出模块与所述数据计算模块信号相连;
所述质控数据统计系统用于利用质控数据计算系统生成的处理的历史样本数据集,并基于随机森林算法对数据集进行分析,生成质控的最佳训练模型;所述质控数据统计系统包括第二数据读取模块、数据预处理模块、机器学习建模模块和结果预测模块,所述第二数据读取模块与所述数据输出模块信号相连,所述数据预处理模块与所述第二数据读取模块信号相连,所述机器学习建模模块与所述数据预处理模块信号相连,所述结果预测模块与所述机器学习建模模块信号相连;
所述质控结果展示系统用于将处理的待测样本数据集与质控的最佳训练模型相拟合,利用可视化的方式展示待测样本的全面质控结果,所述质控结果展示系统包括第三数据读取模块、结果整理与可视化模块及结果展示模块,所述第三数据读取模块与所述结果预测模块信号相连,所述结果整理与可视化模块同所述第三数据读取模块信号相连,所述结果展示模块同所述结果整理与可视化模块信号相连。
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