[发明专利]一种用于鉴定青花菜品种浙青75的SNP标记

说明书

本发明公开了一种用于鉴定青花菜品种‘浙青75’的SNP标记，所述SNP标记分别在青花菜HDEM参考基因组C1染色体第42031808位置、在青花菜HDEM参考基因组基因组C6染色体第6582159位置和在青花菜HDEM参考基因组C7染色体第38826789位置的碱基为G或C。还提供了用于检测所述SNP标记的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1～9所示。本发明SNP标记及其引物可基于KASP技术体系对‘浙青75’杂交种纯度进行鉴定，结果稳定、准确，可高通量鉴定‘浙青75’种子的纯度和真实性。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，设计一种用于鉴定青花菜品种浙青75的SNP标记，具体为一种基于KASP技术开发的用于青花菜品种‘浙青75’纯度或真实性鉴定的SNP标记。

背景技术

青花菜(Brassica oleracea L.var.italic)又名绿菜花、西兰花、绿色花椰菜等，是十字花科芸薹属甘蓝类蔬菜变种之一。青花菜因富含抗癌活性成分莱菔硫烷(Dinkova-Kostova A T,Holtzclaw W D,Cole R N, Itoh K,Wakabayashi N,Katoh Y,Yamamoto M,Talalay P.2002.Direct evidence that sulfhydryl groups of Keap1 are thesensors regulating induction of phase 2enzymes that protect againstcarcinogens and oxidants.Proceedings ofthe National Academy of Sciences USA,99(18): 11908-11913)，而备受国内外消费者的青睐。我国青花菜的需求量和种植面积逐年增加。

青花菜品种‘浙青75’是由浙江省农业科学院蔬菜研究所自主选育的优质中熟青花菜杂交种。定植后约75天采收。生长势强，株型中等，分枝数量中等；花球呈蘑菇型，球面平整，花梗长且绿，蕾粒中细均匀，蕾色深绿、低温不易发紫，商品性好。适宜我国大部分地区秋季和高原地区种植。

KASP技术(竞争性等位基因特异性PCR，kompetitive allele specific PCR)是新一代高通量自动化SNP检测技术。该技术高度灵活，因而它的应用也十分广泛(王富强，樊秀彩，张颖，刘崇怀，姜建福.SNP 分子标记在作物品种鉴定中的应用和展望.植物遗传资源学报,DOI： 10.13430/j.cnki.jpgr.20200309002)。本申请通过开发KASP标记引物并建立其鉴别方法，为实现‘浙青75’品种的遗传纯度鉴定、真伪鉴别及保护提供技术支持。

发明内容

本发明目的在于提供一种基于KASP技术的SNP标记，用于鉴定‘浙青75’种子纯度和真实性，该方法结果稳定、准确，可高通量鉴定‘浙青75’种子的纯度和真实性。

为了达到上述技术目的，本发明具体通过以下技术方案实现：

本发明利用23份青花菜核心种质的重测序数据，获得了百万计的SNP位点，根据每个SNP位点的多态性指数(PIC)、最小等位基因频率(MAF)、在染色体上的分布等，筛选出100个SNP位点，利用 KASP技术对392份青花菜材料基因分型，建立了青花菜指纹图谱库数据。

本发明基于青花菜杂交种‘浙青75’及其双亲的基因分型结果，确定了3对引物组合，可用于‘浙青75’杂交种的种子纯度和真实性鉴定。

本发明一方面，提供了一种用于鉴定青花菜品种‘浙青75’的 SNP标记，所述的SNP标记包括：

编号SNP7501的标记，该标记在青花菜HDEM参考基因组C1染色体第42031808位置的碱基为G或C；

编号SNPSNP7501的标记，该标记在青花菜HDEM参考基因组C6 染色体第6582159位置的碱基为G或C；