[发明专利]AFB1/HBV双暴露肝细胞癌p53基因249密码子突变易感SNP位点及其应用

说明书

本发明公开了AFB1/HBV双暴露肝细胞癌p53基因249密码子突变易感SNP位点及其应用，属于生物技术领域。本发明首次发现rs9930984、rs75218075、rs8022091位点与AFB1/HBV双暴露肝细胞癌TP53基因第249位密码子突变存在显著关联，因此在此基础上提出一种通过检测rs9930984、rs75218075、rs8022091位点的基因型来判断TP53基因第249位密码子突变的方法，该方法是针对具有明确致癌物暴露背景的人群，建立的全基因功能分析，其目的性强、效率高，对肿瘤发生中的基因－环境相互作用机制研究具有普遍性意义。

技术领域

本发明属于生物技术领域，尤其涉及AFB1/HBV双暴露肝细胞癌p53基因249密码子突变易感SNP位点及其应用。

背景技术

在全球范围内，原发性肝癌(primary liver cancer)是男性第五常见，女性第六常见的恶性肿瘤。HCC主要的危险因素包括：慢性肝炎病毒感染(主要是乙型和丙型肝炎病毒)、酒精性/非酒精性肝病、肝吸虫感染、环境致癌物质(黄曲霉毒素)以及遗传因素，中国南部地区，其HCC的最主要的流行病学因素为慢性乙型病毒性肝炎感染和黄曲霉毒素暴露，而这两者是已被公认的导致人类HCC发生的主要致癌因素，并且TP53基因第249密码子G-T突变是已被公认的黄曲霉毒素暴露的分子指纹。

全基因组关联研究(Genome-wide association study，GWAS)是指在全基因组层面上，通过大样的单核苷酸多态(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点的基因分型，寻找相似遗传背景的不同分类条件的人群中SNP分型频率与疾病的关联，进而探求遗传因素对复杂疾病的贡献度，寻找疾病的发生，发展以及治疗显著关联的遗传靶点。自从2005年第一篇年龄相关的视网膜黄斑病变的GWAS研究的发表，GWAS被广泛应用，包括流行病学调查、肿瘤的发病易感性研究、肿瘤的治疗等。SNPs基因频率受到种族、致癌因素暴露等多方面因素的影响，在病理状态下的患者的遗传突变谱很可能发生改变，这些研究报道为我们的研究提供了线索。

由于HCC的发生是一个受多因素影响、多步骤进展的复杂过程，如果研究群体处于致癌物高暴露的环境之下，遗传易感性对致癌物致癌过程的作用可能更容易被甄别，否则其作用可能湮没于众多因素中而难以被发现。研究AFB1/HBV双暴露的Tp53基因249密码子突变易感性，检测易感人群的基因对提高我国人口素质，对肿瘤发生中的基因－环境相互作用机制研究具有普遍性意义。

发明内容

本发明一个目的是提供检测待测人基因组中的如下3个SNP位点的基因型的物质的用途。

本发明提供了检测待测人基因组中的如下3个SNP位点的基因型的物质在鉴定或辅助鉴定TP53基因第249密码子突变易感性中的应用；或检测待测人基因组中的如下3个SNP位点的基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定TP53基因第249密码子突变易感性产品中的应用；

所述SNP位点为rs9930984、rs75218075、rs8022091，分别位于16号染色体、3号染色体和14号染色体。

上述应用中，所述检测待测人基因组中的如下3个SNP位点的基因型的物质包括如下生物材料：

所述生物材料为如下1)-3)中任一种：

1)成套引物，所述成套引物包括扩增SNP位点的多重引物；所述扩增SNP位点的多重引物由SEQ ID NO.5-10所示的单链DNA分子组成；

2)含有1)的试剂；

3)含有1)或2)的试剂盒。

上述检测待测人基因组中的如下3个SNP位点的基因型的物质也是本发明保护的范围。

本发明另一个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定人TP53基因第249密码子突变易感性的方法。