[发明专利]鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的SNP分子标记及应用

说明书

本发明公开了鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的SNP分子标记及应用，所述SNP分子标记有两个，分别为chr23_16630630和chr23_16596338；chr23_16630630位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列的第201位，且该处碱基为T或C；chr23_16596338位于SEQ ID No.2所示的核苷酸序列的第201位，且该处碱基为A或G。本发明在QTL定位基础上发现两个SNP标记，这两个标记在鉴定纤维比强度和马克隆值方面效果显著，可用于棉花纤维比强度和马克隆值分子标记辅助育种。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种可同时鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的SNP分子标记。

背景技术

棉花是世界上最重要的天然纤维作物，也是我国重要经济作物，对国民经济发展、农民增产增收有重要影响。近年来，随着纺织机械及高品质棉纤维产品对纤维品质的要求的不断提高，优质优价成为棉花收购的流行模式，纤维品质逐渐成为限制植棉收益的主要因素，培育优质新品种成为当前棉花生产的重点攻关目标。

纤维品质主要包括纤维长度、比强度、马克隆值、整齐度和伸长率五个性状，并且均受微效基因控制，分子遗传机制复杂(Han et al.Genomic signatures and candidategenes of lint yield and fiber quality improvement in Upland cotton inXinjiang.Plant Biotechnology Journal,2020,1-3)。优质纤维的要求是纤维长度较长、比强度较强、整齐度较高、伸长率较好、马克隆值较小。生产实践及基础研究发现，五个纤维品质性状之间存在复杂的相互关系，纤维长度越长、比强度越强的材料，马克隆值越大，三者难以同步改良。

此外，由于棉花产量和纤维品质之间存在负相关关系(Liu et al.GWAS analysisand QTL identification of fiber quality traits and yield components in Uplandcotton using enriched high-density SNP markers.Frontiers in Plant Science,2018,9:1067)，随着单产的不断增长，纤维品质的改良受到严重限制，保证产量和改良纤维品质成为育种的难点。而长期的传统育种技术导致棉花遗传多样性减少，采用常规育种技术改良纤维品质的难度不断增加，特别是同步改良多个性状的难度更大。

分子标记的开发有利于从染色体水平进行性状的遗传选择，特别是单核苷酸多态性(SNP)标记，数量多、多态性丰富。近年来，随着测序技术的不断进步，SNP的检测成本、可靠性、时效性等方面不断向着有利于研究的方面发展，也使得育种技术在打破基因连锁、同步改良多个性状方面成为可能。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：如何提供一对新的鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的SNP分子标记，用于棉花纤维比强度和马克隆值分子标记辅助育种，并实现两个性状的同步改良。

本发明的技术方案为：鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的SNP分子标记，所述SNP分子标记有两个，分别为chr23_16630630和chr23_16596338；chr23_16630630位于SEQ IDNo.1所示的核苷酸序列的第201位，且该处碱基为T或C；chr23_16596338位于SEQ ID No.2所示的核苷酸序列的第201位，且该处碱基为A或G。

上述所述SNP分子标记在棉花纤维比强度和马克隆值相关性状筛选上的应用。

鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的方法，包括如下步骤：检测待鉴定棉花基因组DNA中SNP位点的基因型，所述SNP位点位于SEQ ID No.1所示的核苷酸序列的第201位和SEQID No.2所示的核苷酸序列的第201位，如果其基因型为CCGG，则该待鉴定的棉花纤维比强度较高、马克隆值较低；如果其基因型为TTAA，则该待鉴定的棉花纤维比强度较低、马克隆值较高。