[发明专利]一种用于检测水稻香味基因的KASP分子标记和检测方法

说明书

本发明涉及一种检测水稻香味基因的KASP分子标记，包括：正向引物1：5'‑TGGCCCGGACGGCGCC‑3'；正向引物2：5'‑GGCCCGGACGGCGCG‑3'，和通用反向引物：5'‑CGGGAGGCGCTGAAGAGGAA‑3'。本发明还公开一种用上述分子标记检测水稻香味基因的方法，相较于常规分子标记方法，该方法省去PCR后的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳步骤，可以快速、准确的检测出香味基因，具有简单、准确、高效和低成本的优点，极大地促进了水稻香味基因的分子标记辅助选择技术应用，对优质香稻新品种的选育具有重要意义。

技术领域

本发明涉及一种快速检测大量群体水稻香味基因的KASP分子标记及其方法，属于农业分子生物技术领域。

背景技术

随着当前城乡居民稻米消费水平的提高，高端优质大米市场开发的经济价值和市场前景日益受到关注。而香味作为评价优质米的一项重要指标，由于其在大米储藏和米饭蒸煮过程中散发出怡人香气，一直受到消费者的青睐。市场上的高档大米也大多为香米，长期以来优质香味米品种的选育受到广泛重视。

研究发现，香稻含有多种挥发性化合物，而直接与水稻香味相关的挥发性物质为2-乙酰-1-吡咯啉(2-acetyl-1-pyrroline，2AP)。国内外学者对水稻香味性状的遗传学研究结果表明，由于甜菜碱醛脱氢酶基因Badh2功能的缺失会导致2AP前体物质的增加，从而积累2AP使稻米产生香味。Bradbury等首先发现水稻第8染色体Badh2基因第7外显子8bp缺失及3bp突变产生无功能蛋白导致水稻香味，Chen等还发现了Badh2中的另外一个等位基因可以导致水稻香味的产生，即第2外显子7bp的缺失。到目前为止该基因序列已经有10多处位点的变异被相继报道。

分子标记辅助选择(marker—assisted selection，MAS)是随着现代分子生物学技术的迅速发展而产生的新技术，它可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，进行分子育种。利用MAS技术根据香味基因序列差异开发一系列的分子标记来鉴定香味基因的手段已经开始应用于香稻分子育种。针对Badh2基因第2外显子7bp的缺失位置，王军等设计了检测香味基因的InDel(insertion-deletion，InDel)标记InDel-E2，利用该标记引物对水稻基因组DNA模板进行PCR扩增，扩增产物通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后根据片段差异可以区分水稻香味基因的基因型。但是该检测方法制胶过程繁琐，电泳时间较长，给香稻育种中大规模基因型检测带来很大困难。

KASP是竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)的缩写，可在广泛的基因组DNA样品中(甚至是一些复杂基因组的DNA样品)，对SNPs(单碱基变异)和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断。本发明根据Badh2基因第2外显子7bp的缺失位置开发了一个KASP分子标记Badh2-E2-KASP，可以准确检测该突变类型的香稻材料。该标记具有高通量、低成本和高准确性的特点，在香稻分子育种中具有重要作用。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于检测水稻香味控制基因Badh2第2外显子7bp的缺失位置的KASP标记引物，检测水稻香味控制基因Badh2的基因型，具有高通量、低成本和高准确性的特点，结果准确可靠，方便快捷，成本低，将在香稻分子育种中发挥重要作用。

所述的一种水稻香味基因，其特征在于与正常的Badh2基因相比，其第2外显子处发生了7bp的碱基缺失，该位置位于基因转录起始密码子下游304bp到310bp之间，缺失序列为GGCGCCG。

本发明的第一个目的是提供一种用于检测水稻香味基因的KASP分子标记Badh2-E2-KASP，其特征在于，所述分子标记包括：

正向引物1：5'-TGGCCCGGACGGCGCC-3'；

正向引物2：5'-GGCCCGGACGGCGCG-3'，和