[发明专利]肠癌分子分型系统

说明书

本申请公开了肠癌分子分型系统。该系统包括：(1)测序文库构建模块，用于从样品RNA构建测序文库；(2)定量测序模块，用于对所述测序文库进行定量和测序；(3)归一化模块，用于对定量和测序结果进行归一化；和(4)CMS分型模块，用于对归一化结果进行分子分型。

技术领域

本申请涉及肠癌分子分型系统。本申请的系统能对肠癌患者的特定基因表达谱进行无偏差的准确量化，准确预测患者术后无癌症复发存活率，有助于指导肠癌的个性化治疗。

背景技术

目前结直肠癌(CRC)已经成为我国第三位常见的恶性肿瘤，其粗发病率达到29.44/10万人口，且有逐年增高的趋势。对于已接受手术治疗结直肠癌，术后的病理评估是最重要的预后指标和术后治疗依据。进展期CRC患者应在术后接受辅助治疗，但对于II/III期患者的辅助治疗决策仍存在较大的争议。回顾性研究发现有约10-20％的II期患者术后会发生复发和转移。此外高危II期患者也可从辅助化疗中获益。目前针对II期结肠癌患者是否需要接受辅助化疗的评价方式目前仍主要停留在组织学层面：肿瘤的浸润深度、分化程度、有无淋巴管浸润、有无神经浸润、淋巴结总数及阳性数以及切缘的病理；分子层面研究提示，MSI-H(microsatellite instability high，高度卫星不稳定性)或dMMR(mismatchrepair deficient，错配修复缺陷)的患者接受5-FU化疗获益降低。而对于III期CRC患者，化疗的时间长短仍有争议，IDEA最新研究结果表明：III期患者辅助化疗3个月和6个月之间的5年生存差异很小；III期低危4周期XELOX的5年生存率优于8周期XELOX，III期高危4周期XELOX比8周期XELOX的5年生存率仅下降1％，但毒副反应大大下降。此外，目前临床治疗结果反映并不是只有高危II/III期可以通过辅助化疗获益。这些问题的关键在于，缺乏特异的分子标志物定义或判断“高危”。因此，如何筛选特异性的分子标志物，对II/III期CRC患者进行精准的分子特征和亚型分析，鉴定真正的“高危”患者使之通过辅助化疗获益，一直是临床亟待解决的问题。

目前，用于分子分型的方法包括NanoString技术和二代测序(Next GenerationSequencing)技术。NanoString技术基于分子杂交原理，受杂交效率影响，低表达的基因无法有效捕获，影响检测灵敏度和准确性；同时仪器设备和试剂昂贵，一般的医疗机构没有条件开展；二代测序技术，包括全转录组测序、靶向基因杂交捕获测序、靶向基因扩增测序。其中，全转录组测序可以在全转录组水平上检测基因表达，但测序数据量大，成本高昂，大多数序列数据被中丰度和高丰度转录本所消耗，往往导致低丰度转录本的覆盖率不足；靶向基因杂交捕获测序，操作复杂且开发成本高；现有的靶向扩增、文库制备和测序步骤都利用DNA聚合酶和扩增，引入了大量的偏差。PCR扩增偏差显著影响定量准确性，因此最终测序数据不能准确代表原始片段的相对丰度。

结直肠癌共识分子亚型(CMS)自2015年在Nature Medicine发表提出，被认为是目前最有力的结直肠癌(CRC)分子分类系统，具有较为清楚的生物判读性，对理解肿瘤分子特征、左半和右半结直肠癌生物学行为差异及疗效预测方面具有重要意义。但是，由于CMS并不是针对某一个基因或标志物，而是一大类的基因，如何进行检测，检测哪些基因，如何进行分类分析，这些都是未来需要解决的问题。并且，CMS分型只是依据结直肠癌的基因表达谱进行分类，与患者术后无疾病存活率并不匹配。另外，已有的研究都是基于欧美人群，且多达13％的患者无法进行分类，目前尚无针对中国人群的肠癌CMS分型研究。

显然，本领域仍需要寻找一种能对肠癌患者，尤其是中国肠癌患者的特定基因表达谱进行无偏差的准确量化，并准确预测患者术后无癌症复发存活率的分子分型的系统。

发明内容

为解决上述技术问题，本申请提供了一种肠癌分子分型系统，包括：(1)测序文库构建模块，用于从样本RNA构建测序文库；(2)定量测序模块，用于对所述测序文库进行定量和测序；(3)归一化模块，用于对定量和测序结果进行归一化；和(4)CMS分型模块，用于对归一化结果进行分子分型。