[发明专利]肠癌分子分型系统在审
| 申请号： | 202010866899.0 | 申请日： | 2020-08-25 |
| 公开（公告）号： | CN111793695A | 公开（公告）日： | 2020-10-20 |
| 发明（设计）人： | 盛伟琪;彭俊杰;彭海翔;黄凯;陆彬彬;陈丽萌;黄丹;许蜜蝶 | 申请（专利权）人： | 复旦大学附属肿瘤医院;上海普恩海汇医学检验所有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6886 | 分类号： | C12Q1/6886;C12Q1/6869;G16B30/10 |
| 代理公司： | 上海专利商标事务所有限公司 31100 | 代理人： | 陈扬扬 |
| 地址： | 200032 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 肠癌 分子 系统 | ||
1.一种肠癌分子分型系统，包括：
(1)测序文库构建模块，用于从样本RNA构建测序文库；
(2)定量测序模块，用于对所述测序文库进行定量和测序；
(3)归一化模块，用于对定量和测序结果进行归一化；和
(4)CMS分型模块，用于对归一化结果进行分子分型。
2.如权利要求1所述的分子分型系统，其中所述从样本RNA构建测序文库包括将所述样本RNA反转录成cDNA，并对所述cDNA进行多重PCR靶向扩增。
3.如权利要求2所述的分子分型系统，其中所述多重PCR靶向扩增的目标基因包括选自下组的一个或多个基因：
。
4.如权利要求3所述的分子分型系统，其中所述多重PCR靶向扩增的引物包括针对所述多重PCR靶向扩增的目标基因的引物。
5.如权利要求1所述的分子分型系统，其中所述定量包括qPCR。
6.如权利要求1所述的分子分型系统，其中所述测序包括高通量测序。
7.如权利要求1所述的分子分型系统，其中所述归一化包括分位数归一化。
8.如权利要求1所述的分子分型系统，其中所述CMS分型模块包括分类模型，所述分类模型基于所述归一化结果在CMS分型特征基因组表达模板上计算余弦距离，基于所述余弦距离得到分子分型的结果。
9.如权利要求1所述的分子分型系统，其中所述分子分型的结果包括：CMS1-炎性型、CMS2-肠上皮细胞型、CMS2-短暂增殖型、CMS3-杯状型和CMS4-干状型。
10.如权利要求1所述的分子分型系统，其中所述样本RNA来自中国人群。
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