[发明专利]用于检测甜瓜疫病抗性的CAPS标记及其应用

说明书

本发明提供了一种与甜瓜抗疫病基因紧密连锁的CAPS标记，其特征在于，所述CAPS标记的多态性位点位于甜瓜基因组3.5.1版本12号染色体22,902,391的位置，为G/C多态性；本发明还提供了上述分子标记在甜瓜育种、品种鉴定以及制备相应试剂盒中的应用。

技术领域

本申请属于农业分子生物学检测技术领域，具体地，本申请提供了一种与甜瓜抗疫病基因紧密连锁的CAPS标记及其相应引物，检测方法和应用。

背景技术

甜瓜是葫芦科黄瓜属(Cucumis melo L.)作物，在我国是一种重要的园艺作物。据联合国粮农组织统计，我国的甜瓜栽培面积和产量均位居世界首位，对提高农民收入、推动农业供给侧结构改革发挥了重要作用。

疫病是由疫霉菌侵染引起的具有毁灭性的土传病害，可以通过雨水、土壤、空气传播，高温高湿的环境可促进疫病的发生和流行。疫霉菌可侵染甜瓜植株的根、茎、叶、果实等各个组织和器官，发病周期短，传播速度快，对产业构成严重威胁。化学防治是最常用的防治方法，但由于疫霉菌可以以厚垣孢子的形式在土壤中存活数年，对外界环境的耐受性较强。嫁接可以有效防治疫病的危害，但容易降低果品品质，选育抗疫病品种是有效控制甜瓜疫病最安全、经济、环保的途径。因此，开发甜瓜抗疫病基因连锁标记，将有利于高效改良甜瓜的疫病抗性，为抗病分子育种提供技术支撑。但目前还未有抗疫病基因被定位或克隆，也没有与抗病基因紧密连锁的分子标记被报道(目前报道的甜瓜分子标记基本集中于农艺性状、抗白粉病等方面)。

发明内容

发明人以甜瓜抗疫病材料ZQK9作为父本，高感材料E31作为母本，两亲本杂交获得F₁群体，然后F₁代自交获得F₂群体，回交获得BC₁P₁和BC₁P₂群体。利用在田间感病甜瓜植株中分离的疫霉菌菌株，采用灌根接种法对两个亲本及各个单株进行抗病性鉴定，从而进行遗传分析。结果表明，甜瓜抗病材料ZQK9对疫病的抗性符合单显性基因的遗传模式，其抗性可能由一个显性基因控制。采用全基因组重测序(Whole Genome Resequencing,WGR)和混合分组分析法(Bulked Segregation Analysis，BSA法)相结合的方法，通过生物信息学分析，检测亲本间的SNP差异位点，计算混池间这些差异位点的频率，确定目标基因所处染色体区段。利用甜瓜全基因重测序信息，对初步定位基因区间进行基因组序列比对，获取与甜瓜材料表型性状完全符合的候选SNP位点；并将结合遗传分离群体验证分析及自然群体验证分析，迅速获取与目的性状紧密连锁的标记，可应用于抗疫病分子辅助育种，为甜瓜抗病分子育种提供技术支撑，同时大大缩短了传统基因定位的时间。

一方面，本发明提供了一种与甜瓜抗疫病基因紧密连锁的CAPS标记，其特征在于所述CAPS标记的多态性位点位于甜瓜基因组3.5.1版本12号染色体22,902,391的位置，为G/C多态性。

进一步地，所述CAPS标记以以下引物扩增获得：

上游引物序列：5’-TATGTAACTGCTATCTCCCTAA-3’(SEQ ID NO.1)；

下游引物序列：5’-GGTTACTGGAGCTTTGGCTC-3’(SEQ ID NO.2)。

进一步地，所述CAPS标记以Fau I酶切判断多态性。

另一方面，本申请提供了上述CAPS标记在甜瓜育种中的应用。

另一方面，本申请提供了上述CAPS标记在甜瓜品种鉴定中的应用。

进一步地，应用包括：

使用以下引物扩增：

上游引物序列：5’-TATGTAACTGCTATCTCCCTAA-3’(SEQ ID NO.1)；