[发明专利]检测TCF3-HLF融合基因的引物和方法

说明书

本发明公开了筛查急性淋巴细胞白血病(ALL)相关融合基因TCF3‑HLF的引物和方法，包括一对筛查TCF3‑HLF融合是否发生的引物和一对进一步确认TCF3和HLF两个基因融合方式的引物。本发明所述引物和方法简单，价格便宜，是临床融合基因筛查的可靠方法。实现了精确分层治疗，在临床上具有重要意义。

技术领域

本发明属核酸检测的生物技术领域，特别涉及检测TCF3-HLF融合基因的检测。

背景技术

急性淋巴细胞白血病(Acute Lymphoblastic Leukemia，ALL)在所有的白血病人中约占20％，是由于骨髓造血干细胞或祖细胞在不同的分化阶段发生分化障碍、凋亡阻滞以及恶性增殖而发生于血液循环系统的异质性恶性肿瘤。该病是一组异质性的疾病，其中，染色体异常被用作诊断、判断预后及有预示价值的生物学指标，为疾病的分型、疾病发展及对治药物的反应提供重要信息。

TCF3-HLF是由致白血病易位t(17；19)(q22；p13)产生的嵌合型融合蛋白，包含与一部分融合的基本亮氨酸拉链(bZIP)蛋白和HLF的DNA结合形成蛋白二聚结构域以及具有转录激活特性的TCF3蛋白。TCF3-HLF形成的融合基因通过保守的信号级联来实现其转化和抗凋亡功能。这些是由于正常的TCF3功能受损以及通过HLF bZip DNA结合和二聚化结构域触发的生存途径激活引起的，该病在前体B细胞(pre-B)ALL患者中发生率在0.5％至1％之间，大多数患者是较大的儿童或青少年。多人在诊断中表现出一种称为弥散性血管内凝血(DIC)的凝血异常，高钙血症也相对常见，但通常在表现出标准ALL的儿童患者中很少见。免疫表型上，与t(17；19)相关的白血病细胞通常是“常见的”B细胞前体，没有细胞质免疫球蛋白重链表达。

TCF3-HLF融合包括TCF3的C末端(包括bHLH结构域)丢失并被C末端取代HLF的一部分，其中包含bZIP域以创建嵌合蛋白TCF3-HLF。最新的研究表明TCF3-HLF融合有三种机制可维持TCF3-HLF mRNA融合点的阅读框：在I型易位中，TCF3的外显子16与HLF的外显子4融合，中间插入了TCF3内含子13的片段；II型是TCF3的外显子15与HLF的外显子4融合；Ⅲ型是TCF3的外显子14与HLF的外显子4融合。I型与II型是与HLF产生的融合位点相同，Ⅲ型与HLF产生的融合位点与前2中异位有所区别，但体外实验显示三种融合具有相同的DNA结合及转录调节活性。

研究表明TCF3-HLF阳性ALL患者呈现高度恶性易发生多药耐药，早期复发率极高，预后极差，致死率极高，目前国内外文献报道的病例来看，几乎没有长期生存的案例。部分患者通过治疗可以产生明显的症状缓解，但在短时间内病情就会发生恶化，即使进行干细胞移植也难以救治。因此对急性淋巴细胞白血病患者进行TCF3-HLF融合进行早期检测十分重要，需早期识别，进行精确分层治疗。

TCF3-HLF主要见于前体B淋巴细胞白血病，在全部B系ALL中发生率在0.5％-1％之间，合并弥散性血管内凝血(DIC)和高钙血症是该病发生的典型症状。通常来说染色体核型分析是检测遗传学异常的常用方法。但由于染色体核型分析受到标本质量、显带质量、检测者水平经验等多方面因素影响，而且染色体核型分析很难识别微小的染色体异。PCR检测的灵敏性明显高于常规的染色体分析，因此近年来使用PCR方法检测TCF3-HLF融合基因突变发展迅速。

发明内容

TCF3-HLF融合经常发生在TCF3的外显子14或15或16和HLF的外显子4上，即发生TCF3的外显子14与HLF的外显子4融合、TCF3的外显子15与HLF的外显子4融合和TCF3的外显子16与HLF的外显子4融合。因此本发明提供了一对筛查TCF3-HLF融合是否发生的引物，包括

TCF3-10F：ACCAGCACGAGCGTATGG

TCF3-16R：ACTGTAGGAGTCGGGAGGC。