[发明专利]一种用于血流感染病原诊断的血浆游离DNA标志物在审
| 申请号: | 202010315822.4 | 申请日: | 2020-04-21 |
| 公开(公告)号: | CN111411144A | 公开(公告)日: | 2020-07-14 |
| 发明(设计)人: | 申奥;王晓凤;吴红龙 | 申请(专利权)人: | 深圳华大因源医药科技有限公司;华大生物科技(武汉)有限公司 |
| 主分类号: | C12Q1/24 | 分类号: | C12Q1/24;C12Q1/6869;C12Q1/689;C12Q1/14;C12Q1/10;C12Q1/04 |
| 代理公司: | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人: | 张立娜 |
| 地址: | 518057 广东省深圳市南山区粤海街道高新区社区*** | 国省代码: | 广东;44 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 用于 血流 感染 病原 诊断 血浆 游离 dna 标志 | ||
1.一种血浆游离DNA的处理方法,包括如下步骤:从待测血浆游离DNA中选择大小为60-140bp的片段。
2.一种通过血浆游离DNA进行血流感染病原体检测的样本前处理方法,包括如下步骤:
(A1)从待测血浆中提取游离DNA,进行末端修复和加A,并连接接头,得到DNA文库;
(A2)从所述DNA文库中选择所述游离DNA片段大小为60-140bp的片段,得到测序文库,所述测序文库即为处理后样本。
3.一种提高血浆游离DNA中病原体检出率的方法,包括如下步骤:
(A1)从待测血浆中提取游离DNA,进行末端修复和加A,并连接接头,得到DNA文库;
(A2)从所述DNA文库中选择所述游离DNA片段大小为60-140bp的片段,得到测序文库;
(A3)对所述测序文库进行上机测序,从测序结果中获得所述待测血浆中病原体的检测结果。
4.一种通过血浆游离DNA检测血流感染病原体的系统,包括
(B1)用于从血浆中提取游离DNA的试剂和/或仪器;
(B2)用于对游离DNA进行末端修复和加A,并连接接头,得到DNA文库的试剂和/或仪器;
(B3)能够从所述DNA文库中选择游离DNA片段大小为60-140bp的片段作为测序文库的试剂和/或仪器;
(B4)能够对所述测序文库进行上机测序,从测序结果中获得待测血浆中病原体的检测结果的装置。
5.根据权利要求4所述的系统,其特征在于:所述(B4)中,所述装置中设有结论输出模块;
所述结论输出模块用于按照如下输出结论:如果所述测序结果中含有某种病原体的特异性序列信息,则所述待测血浆中含有或候选含有对应的病原体;如果所述测序结果中不含有某种病原体的特异性序列信息,则所述待测血浆中不含有或候选不含有对应的病原体。
6.一种提高血浆游离DNA中病原体检出率的方法,包括如下步骤:
(C1)从待测血浆中提取游离DNA;
(C2)以所述游离DNA为模板,采用病原体特异性引物对进行PCR扩增;所述引物对扩增目的片段的大小为60-140bp;
(C3)根据PCR扩增结果获得所述待测血浆中病原体的检测结果。
7.权利要求4或5所述系统在制备用于通过血浆游离DNA检测血流感染病原体的产品中的应用。
8.权利要求4或5所述系统和记载有权利要求3所述方法的可读性介质在制备用于通过血浆游离DNA检测血流感染病原体的产品中的应用;或
用于对血浆游离DNA进行PCR扩增所用试剂和/或仪器与记载有权利要求6所述方法的可读性介质在制备用于通过血浆游离DNA检测血流感染病原体的产品中的应用。
9.根据权利要求1-8中任一所述的方法或系统或应用,其特征在于:所述大小为60-140bp是大小为64-132bp;和/或
所述病原体选自如下:大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、屎肠球菌和/或鲍曼不动杆菌感染。
10.血浆中病原体游离DNA的分布特征在如下任一中的应用:
(D1)开发通过血浆游离DNA检测血流感染病原体的产品;
(D2)开发通过血浆游离DNA诊断感染性疾病的产品;
(D3)提升现有通过血浆游离DNA检测血流感染病原体的产品的性能;
(D4)制备血浆游离DNA中病原体模拟样本。
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