[发明专利]一种基于二代高通量测序的微生物鉴定分析系统及装置

权利要求书

1.一种基于二代高通量测序的微生物鉴定分析系统及装置，其特征在于，包括：

任务管理模块，用于获取待鉴定分析数据，建立任务列表并对所述任务列表中的鉴定分析任务进行管理，将待鉴定分析数据上传到服务器，通过所述服务器根据预设生信分析方法对所述待鉴定分析数据进行鉴定分析；

报告管理模块，用于根据所述服务器对所述待鉴定分析数据进行鉴定分析的结果，依照预设报告模板生成鉴定分析报告，并根据用户的审核及批准指令完成对生成的鉴定分析报告进行审核及批准的流程；

报表统计模块，用于根据菌种、微生物类型、菌株来源以及鉴定分析报告统计共四个维度对鉴定分析报告或鉴定分析样本进行报表统计。

2.如权利要求1所述的基于二代高通量测序的微生物鉴定分析系统及装置，其特征在于，所述基于二代高通量测序的微生物鉴定分析系统及装置还包括首页模块，用于从模块、统计、服务器存储以及消息多个维度进行数据统计和消息提醒。

3.如权利要求2所述的基于二代高通量测序的微生物鉴定分析系统及装置，其特征在于，所述基于二代高通量测序的微生物鉴定分析系统及装置还包括用户管理模块和系统设置模块；其中，

所述用户管理模块用于对所述微生物鉴定分析系统及装置中的用户进行管理和分组，并按照分组结果对用户进行权限的配置；

所述系统设置模块，用于从样本信息管理、下机数据路径、报告模板、服务器存储、备份还原以及日志审计多个维度进行系统的管理和配置。

4.如权利要求1所述的基于二代高通量测序的微生物鉴定分析系统及装置，其特征在于，所述报告管理模块在生成鉴定分析报告后，还用于根据用户的导出及打印指令对生成的鉴定分析报告进行导出和在线打印操作。

5.如权利要求1所述的基于二代高通量测序的微生物鉴定分析系统及装置，其特征在于，所述预设生信分析方法，包括：

步骤一、将测序产生的BCL文件转换为fastq格式，并根据测序文库的index序列对样本数据进行拆分，得到每个样本数据的原始序列；

步骤二、利用fastp生信软件对原始序列进行质量剪切和序列清洗；

步骤三、根据reads的pair-end关系将步骤二的结果通过pear生信软件合并双端reads，然后根据扩增引物信息通过字符匹配进行进一步筛选；

步骤四、针对步骤三的结果通过vsearch生信软件去除重复序列，并统计冗余序列条数，然后通过mafft生信软件对去重后的序列进行多序列比对；

步骤五、利用修改后的deblur去噪工具对步骤四的结果进行序列去噪，然后通过vsearch软件对去噪后的序列去嵌合体；

步骤六、利用blast生信软件，用blastn方法将步骤五的结果与自建的参考数据库进行比对；

步骤七、根据步骤六的比对结果及序列占比，得出物种鉴定结果。

6.如权利要求5所述的基于二代高通量测序的微生物鉴定分析系统及装置，其特征在于，所述根据扩增引物信息通过字符匹配进行进一步筛选，包括：

左端引物查找时，从左向右进行查找，存在多对引物时优先查询扩增位点在左侧的引物；右端引物查找同理，匹配方向改为从右向左，且优先查询扩增位点在右侧的引物；允许两个碱基错配：引物的兼并位点不属于错配，错配包含插入、缺失、转换、颠换四种情况；根据匹配情况，挑选双端引物都可以匹配到的序列，并截取匹配引物范围内的序列作为结果，去除掉低于50bp的序列，最终根据左右引物两两配对的原则，得到一组fasta序列。