[发明专利]一种快速检测绵羊LRRFIP1基因CNV标记的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种快速检测绵羊LRRFIP1基因CNV标记的方法及其应用：基于实时荧光定量PCR技术，以绵羊血样全基因组DNA为模板，利用一对特异引物扩增绵羊LRRFIP1基因的拷贝数变异区域的部分片段，利用另外一对特异性引物扩增绵羊ANKRD1基因部分片段作为对照，然后利用2*2^‑ΔCt的方法计算并判定个体的拷贝数变异类型，基于绵羊LRRFIP1基因拷贝数变异与生长性状之间的关联，本发明提供的方法可用于快速建立茶卡羊等地方绵羊品种的遗传资源优势种群，有利于加快茶卡羊等的分子标记辅助选择育种工作，该方法简单、快速，便于推广应用。

技术领域

本发明属于分子遗传育种领域，具体涉及一种检测绵羊LRRFIP1基因拷贝数变异的方法，该方法利用实时定量PCR技术，以基因组DNA为模板，以ANKRD1基因为参照，根据2*2^-ΔCt值从而确定个体的拷贝数变异类型。

背景技术

DNA分子标记(DNAmolecular marker)是反映个体和种群间基因组特异性的DNA片段。分子标记包括限制性片段长度多态性标记(Restriction Fragment LengthPolymorphism，RFLP)、随机扩增基因组DNA多态性标记(Random Amplified PolymorphicDNA，RAPD、扩增片段长度多态性标记(Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP)、微卫星DNA(Microsatellite，MS)、单核苷酸多态性标记(Single NucleotidePolymorphisms，SNP)、插入/缺失多态性(Indels)等。而拷贝数变异(CNVs)是指长度为1kb至数Mb的有关DNA片段拷贝数突变，包括DNA单一片段的扩增、缺失、插入、倒置等，也包括复杂的染色体扩增、缺失和插入的各种组合，由于CNVs比SNPs和Indels覆盖范围更广，因此，遗传效应更大，可用作分子育种标记。

富亮氨酸重复序列(Fli-1)相互作用蛋白-1(leucine-rich repeat(inflightless I)interacting protein-1,LRRFIP1)蛋白是一种转录抑制因子，能够作为Toll样受体(Toll-like receptor，TLR)信号通路的一个调节器发挥重要的作用，参与调节炎症反应。LRRFIP1基因还参与调节肥胖患者血浆CRP、IL-6表达水平，但相关变异在家畜中的影响还未见报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种快速检测绵羊LRRFIP1基因CNV标记的方法及其应用。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测绵羊LRRFIP1基因拷贝数变异的方法，包括以下步骤：以待测绵羊(例如，茶卡羊等地方绵羊品种)个体血样全基因组DNA为模板，以引物对P1及引物对P2为引物，分别通过实时荧光定量PCR扩增LRRFIP1基因的拷贝数变异区域及作为内参的ANKRD1基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定待测绵羊个体LRRFIP1基因的拷贝数变异类型。

优选的，所述的LRRFIP1基因的拷贝数变异区域位于绵羊LRRFIP1基因参考基因组序列NC_019458.2的3239601位至3242400位，共2800bp。

优选的，所述的拷贝数变异类型是根据2*2^-ΔCt将定量结果分为的三类：多拷贝型，2*2^-ΔCt2；缺失型，2*2^-ΔCt2；正常型，2*2^-ΔCt＝2。

优选的，所述的引物对P1为：

上游引物F1：5’-CGCTGAGCTGTCCCAATACA-3’

下游引物R1：5’-GGGAAAGACTCCCTGTAAACACT-3’；

所述的引物对P2为：