[发明专利]调节RNA的方法

说明书

本披露总体上涉及用于调节RNA的方法和组合物，例如使用包含Pumilio同源结构域的多肽。

相关申请

本申请要求2018年11月29日提交的美国序列号62/772,907，2018年12月12日提交的美国序列号62/778,361和2018年12月17日提交的美国序列号62/780,442的优先权，其内容各自通过引用以其全文并入文中。

发明内容

本文描述了用于改变RNA结构和功能以调节生物过程的组合物和方法。

一级核苷酸序列决定了RNA的二级和三级结构。核苷酸的碱基配对形成了RNA配体(如蛋白质)结合所必需的茎、环和组合。这样，RNA的一级序列的编辑以及由此的二级和/或三级结构的编辑可以改变其配体结合特性，并提供调节下游过程而不改变配体(例如，RNA结合多肽)的功能的方式。本文描述了调节RNA一级、二级和三级结构和功能和/或剪接以影响由RNA-配体相互作用和/或RNA编码产物的表达实现的过程的组合物和相关方法。

因此，在一方面，本披露涉及多肽，该多肽包含：(a)RNA结合结构域，该RNA结合结构域包含多个(例如，2-50、10-30、或16-21个)RNA碱基结合基序，每个基序与RNA碱基结合，并且这些基序在该RNA结合结构域中有序排列以与靶RNA序列中连续顺序的RNA碱基结合，该RNA结合结构域连接至(b)异源RNA编辑结构域。

在另一个方面，本披露涉及多肽，该多肽包含：(a)RNA结合结构域，该RNA结合结构域包含多个(例如，2-50、10-30、或16-21个)RNA碱基结合基序，每个基序与RNA碱基结合，并且这些基序在该RNA结合结构域中有序排列以与靶RNA序列中连续顺序的RNA碱基结合，该RNA结合结构域连接至(b)异源RNA编辑结构域，其中该多肽不包含核酸酶或其功能片段。

在另一个方面，本披露涉及多肽，该多肽包含：(a)RNA结合结构域，该RNA结合结构域包含多个(例如，2-50、10-30、或16-21个)RNA碱基结合基序，每个基序与RNA碱基结合，并且这些基序在该RNA结合结构域中有序排列以与靶RNA序列中连续顺序的RNA碱基结合，该RNA结合结构域连接至(b)异源RNA编辑结构域，该异源RNA编辑结构域包含脱氨酶的催化结构域或其功能片段或变体。

在另一个方面，本披露涉及多肽，该多肽包含：(a)RNA结合结构域，该RNA结合结构域包含多个(例如，2-50、10-30、或16-21个)RNA碱基结合基序，每个基序与RNA碱基结合，并且这些基序在该RNA结合结构域中有序排列以与靶RNA序列中连续顺序的RNA碱基结合，该RNA结合结构域连接至(b)异源RNA效应子，该异源RNA效应子包含剪接因子。

在一些实施例中，多个RNA碱基结合基序包含至少3个(例如，至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、14-24个、15-23个、16-22个、16-21个、2-20个、2-15个、2-10个、2-8个、3-20个、3-15个、3-10个、3-8个、4-8个、多达25个、多达30个)PUM RNA结合基序。

在一些实施例中，该RNA结合结构域结合2-50个核苷酸(例如，14-30、15-26、16-21、2-40、2-30、2-25、2-20、5-50、5-40、5-30、5-25、5-20、5-15、2-18、2-15、2-12、2-10、2-9、2-8、3-20、3-15、3-10、3-9、3-8、4-12、4-10、4-9、4-8、5-10、5-9、5-8个核苷酸)的RNA序列。

在一些实施例中，该RNA结合结构域是90-500个氨基酸残基，例如，90-450个氨基酸残基、90-400个氨基酸残基、90-350个氨基酸残基、90-300个氨基酸残基、120-400个氨基酸残基。