[发明专利]无细胞DNA中的微卫星不稳定性检测

权利要求书

1.一种确定核酸样品的重复核酸不稳定性状态的方法，所述方法包括：

(a)根据序列信息定量多于一个重复核酸基因座的每一个处存在的不同重复序列长度的数目，以产生所述多于一个重复核酸基因座的每一个的位点评分，其中所述序列信息来自所述核酸样品中重复核酸基因座的群体；

(b)当给定的重复核酸基因座的位点评分超过所述给定的重复核酸基因座的位点特异性训练阈值时，将所述给定的重复核酸基因座识别为不稳定，以产生重复核酸不稳定性评分，所述重复核酸不稳定性评分包括来自所述多于一个重复核酸基因座的不稳定的重复核酸基因座的数目；和

(c)当所述重复核酸不稳定性评分超过所述核酸样品中所述重复核酸基因座的群体的群体训练阈值时，将所述核酸样品的所述重复核酸不稳定性状态分类为不稳定，从而确定所述核酸样品的所述重复核酸不稳定性状态。

2.一种确定样品的重复DNA不稳定性状态的方法，所述方法包括：

(a)根据序列信息定量多于一个重复DNA基因座的每一个处存在的不同重复序列长度的数目，以产生所述多于一个重复DNA基因座的每一个的位点评分，其中所述序列信息来自所述样品中重复DNA基因座的群体；

(b)对于所述多于一个重复DNA基因座的每一个，将给定的重复DNA基因座的位点评分与所述给定的重复DNA基因座的位点特异性训练阈值进行比较；

(c)当所述给定的重复DNA基因座的位点评分超过所述给定的重复DNA基因座的位点特异性训练阈值时，将所述给定的重复DNA基因座识别为不稳定，以产生重复DNA不稳定性评分，所述重复DNA不稳定性评分包括来自所述多于一个重复DNA基因座的不稳定的重复DNA基因座的数目；和

(d)当所述重复DNA不稳定性评分超过所述样品中所述重复DNA基因座的群体的群体训练阈值时，将所述样品的所述重复DNA不稳定性状态分类为不稳定，从而确定所述样品的所述重复DNA不稳定性状态。

3.一种确定样品的微卫星不稳定性(MSI)状态的方法，所述方法包括：

(a)根据序列信息定量多于一个微卫星基因座的每一个处存在的不同重复序列长度的数目，以产生所述多于一个微卫星基因座的每一个的位点评分，其中所述序列信息来自所述样品中微卫星基因座的群体；

(b)对于所述多于一个微卫星基因座的每一个，将给定的微卫星基因座的位点评分与所述给定的微卫星基因座的位点特异性训练阈值进行比较；

(c)当所述给定的微卫星基因座的位点评分超过所述给定的微卫星基因座的位点特异性训练阈值时，将所述给定的微卫星基因座识别为不稳定，以产生微卫星不稳定性评分，所述微卫星不稳定性评分包括来自所述多于一个微卫星基因座的不稳定的微卫星基因座的数目；和

(d)当所述微卫星不稳定性评分超过所述样品中所述微卫星基因座的群体的群体训练阈值时，将所述样品的所述MSI状态分类为不稳定，从而确定所述样品的所述MSI状态。

4.一种确定样品的微卫星不稳定性(MSI)状态的方法，所述方法包括：

(a)从所述样品中微卫星基因座的群体接收序列信息；

(b)根据所述序列信息定量多于一个微卫星基因座的每一个处存在的不同重复序列长度的数目，以产生所述多于一个微卫星基因座的每一个的位点评分；

(c)对于所述多于一个微卫星基因座的每一个，将给定的微卫星基因座的位点评分与所述给定的微卫星基因座的位点特异性训练阈值进行比较；

(d)当所述给定的微卫星基因座的位点评分超过所述给定的微卫星基因座的位点特异性训练阈值时，将所述给定的微卫星基因座识别为不稳定，以产生微卫星不稳定性评分，所述微卫星不稳定性评分包括来自所述多于一个微卫星基因座的不稳定的微卫星基因座的数目；和

(e)当所述微卫星不稳定性评分超过所述样品中所述微卫星基因座的群体的群体训练阈值时，将所述样品的所述MSI状态分类为不稳定，从而确定所述样品的所述MSI状态。