[发明专利]DNA构建体设计系统

说明书

本公开总体上涉及一种DNA构建体设计系统。一种示例性方法包括：在电子设备处，接收选择载体骨架的输入，其中所述载体骨架包括多个功能部件；响应于接收到选择所述载体骨架的所述输入，显示所述载体骨架的图形表示；接收选择所述载体骨架的所述多个功能部件中的一个或多个功能部件的输入；在接收到选择所述载体骨架上的一个或多个功能部件的所述输入之后，接收包括功能部件的指示的拖放输入；响应于接收到所述拖放输入，基于所述拖放输入中指示的所述功能部件和所述载体骨架的所述多个功能部件中所选择的一个或多个功能部件来更新所述载体骨架；以及显示所更新的载体骨架的图形表示。

技术领域

本公开总体涉及一种计算机系统，更具体地，涉及用于提供DNA构建体设计系统的技术。

背景技术

DNA构建体是通过将一个或多个靶DNA片段插入载体骨架而产生的人工构建的核酸片段，并且是将一个或多个靶DNA片段携带到靶组织或细胞中的媒介物。人工质粒是在宿主生物体中扩增靶DNA片段的常用载体。在宿主生物体中繁殖后，可以使用各种质粒制备方法分离质粒。质粒在涉及基因功能分析、蛋白质表达和基因组编辑的生物学研究中被广泛用作载体。

DNA构建体设计的过程包括选择正确的位置插入靶DNA片段。由于DNA构建体设计的复杂性，希望使用计算机软件进行设计过程。然而，许多用于设计DNA构建体的现有计算机软件提供了不灵活、不直观和/或无指导的用户体验。例如，由计算机软件提供的功能通常是有限的，将构建体设计限制为仅已知有效的模板，而没有预先设计的模板就不能灵活地设计构建体。另一个例子是，用户，尤其是那些在DNA构建体设计或特定软件方面没有深入了解的用户，经常发现用户界面令人困惑，操作起来很麻烦。此外，这些计算机软件缺乏足够的人工智能来在设计过程中指导用户，例如，通过自动检测用户设计中的错误并提供定制的建议。

发明内容

本公开涉及一种计算机实现的DNA构建体设计系统，该系统提供灵活、直观且有指导的用户体验。在一些实施方案中，该系统实现了“基于部件”的构建体设计，如下所述，通过使用户不必在预定义的框架或模板内设计DNA构建体而使灵活性最大化。此外，该系统提供了直观和自然的用户界面，例如，通过允许用户使用诸如拖放的简单输入来进行设计(例如，使用鼠标或触摸使能显示屏)。此外，系统通过内置的设计检查算法自动检测用户设计中的错误，并相应地提供通知和建议。

在一些实施方案中，提供了一种设计DNA构建体的计算机实现的方法，其包括：在具有显示器的电子设备中，接收选择载体骨架的输入，其中所述载体骨架包括多个功能部件；响应于接收到选择所述载体骨架的所述输入，显示所述载体骨架的图形表示；接收选择所述载体骨架的所述多个功能部件中的一个或多个功能部件的输入；在接收到选择所述载体骨架上的一个或多个功能部件的所述输入之后，接收包括功能部件的指示的拖放输入；响应于接收到所述拖放输入，基于所述拖放输入中指示的所述功能部件和所述载体骨架的所述多个功能部件中所选择的一个或多个功能部件来更新所述载体骨架；以及显示所更新的载体骨架的图形表示。

在一些实施方案中，所述拖放输入包括用鼠标进行的点击和拖动输入。

在一些实施方案中，所述拖放输入包括用手指在触敏显示器上进行的轻击和拖动输入。

在一些实施方案中，所选择的载体骨架的所述图形表示包括质粒图谱、序列图谱或其组合。

在一些实施方案中，所述一个或多个功能部件包括所述载体骨架上的现有基因，并且更新所述载体骨架包括用所述拖放输入中指示的所述功能部件替换所述现有基因。

在一些实施方案中，所述一个或多个功能部件包括所述载体骨架上的一个或多个克隆位点，并且更新所述载体骨架包括在所述载体骨架上的一个或多个克隆位点中的一个克隆位点处插入所述拖放输入中指示的所述功能部件。

在一些实施方案中，所述电子设备接收包括对应于功能部件的检索词的输入；并且基于多个数据库识别一个或多个检索结果。