[发明专利]生物分子探针以及检测基因和蛋白表达的方法

权利要求书

1.用于空间检测来自组织样品的至少一种细胞中的至少一种靶分析物的方法，包括：

（1）使组织样品中至少一种细胞中的至少一种靶分析物与至少一种包含靶结合结构域和标识符寡核苷酸的探针接触，其中所述标识符寡核苷酸包含鉴定结合至所述靶结合结构域的靶分析物的独特核酸序列；

（2）对所述组织样品的位置提供足以释放所述标识符寡核苷酸的力；

（3）收集释放的标识符寡核苷酸；

（4）使第一核酸探针和第二核酸探针与所述释放的标识符寡核苷酸杂交，

其中所述第一核酸探针包含：

与所述标识符寡核苷酸的一部分互补的核酸，

包含独特分子标识符的核酸序列，

第一扩增引物结合位点，且

其中所述第二核酸探针包含：

与所述标识符寡核苷酸的一部分互补的核酸，和

第二扩增引物结合位点，且

其中所述第一和第二核酸探针与所述标识符寡核苷酸杂交，从而使得所述第一和第二核酸探针相邻但不重叠；

（5）将杂交的第一和第二核酸探针连接在一起；

（6）扩增步骤（5）中产生的连接产物；和

（7）通过对步骤（6）中产生的扩增产物进行测序来鉴定所述释放的标识符寡核苷酸，从而空间检测所述组织样品中至少一种细胞中的至少一种靶分析物。

2.权利要求1的方法，其中扩增所述连接产物包括进行PCR。

3.权利要求2的方法，其中进行PCR包括第一扩增引物和第二扩增引物，

其中所述第一扩增引物包含：

第一流动池结合位点；

第一鉴定从其释放所述标识符寡核苷酸的组织样品的特定位置的核酸序列；和

与所述第二扩增引物结合位点互补的核酸序列；且

其中所述第二扩增引物包含：

第二流动池结合位点；

第二鉴定从其释放所述标识符寡核苷酸的样品的特定位置的核酸序列；和

与所述第一扩增引物结合位点互补的核酸序列。

4.权利要求3的方法，其中所述扩增引物的至少一种包含亲和分子。

5.权利要求1的方法，其中所述鉴定结合至所述靶结合结构域的靶分析物的独特核酸序列包含约10个核苷酸至约50个核苷酸。

6.权利要求1的方法，其中所述扩增引物结合位点的至少一种包含约20至约50个核苷酸。

7.用于空间检测来自组织样品的至少一种细胞中的至少一种靶分析物的方法，包括：

（1）使组织样品中至少一种细胞中的至少一种靶分析物与至少一种包含靶结合结构域和标识符寡核苷酸的探针接触，其中所述标识符寡核苷酸包含：

鉴定结合至所述靶结合结构域的靶分析物的独特核酸序列，

包含独特分子标识符的核酸序列，

第一扩增引物结合位点，和

第二扩增引物结合位点；

（2）对所述组织样品的位置提供足以释放所述标识符寡核苷酸的力；

（3）收集释放的标识符寡核苷酸；

（4）扩增收集的标识符寡核苷酸；

（5）通过对步骤（4）中产生的扩增产物进行测序来鉴定所述释放的标识符寡核苷酸，从而空间检测所述组织样品中至少一种细胞中的至少一种靶分析物。

8.权利要求7的方法，其中扩增所述收集的标识符寡核苷酸包括进行PCR。

9.权利要求8的方法，其中进行PCR包括第一扩增引物和第二扩增引物，

其中所述第一扩增引物包含：

第一流动池结合位点；

第一鉴定从其释放所述标识符寡核苷酸的组织样品的特定位置的核酸序列；和

与所述第二扩增引物结合位点互补的核酸序列；且

其中所述第二扩增引物包含：

第二流动池结合位点；

第二鉴定从其释放所述标识符寡核苷酸的样品的特定位置的核酸序列；和

与所述第一扩增引物结合位点互补的核酸序列。