[发明专利]检测小麦Glu-B3位点拷贝数的引物、探针及其检测方法

说明书

本发明属于生物技术领域，具体涉及检测小麦Glu‑B3位点拷贝数的引物、探针及其检测方法。所述引物的核苷酸序列为：上游引物glub3F：5’‑CAAGTCATCTTTAGCAAGCATCAGG‑3’，SEQ ID NO：1所示；下游引物glud3R：5’‑AAGGTCTTCATGGTGGACTAGTGTT‑3’，SEQ ID NO：2所示；探针glub3T的核苷酸序列为：5‑ATAGTAGCCAGGGCACCACCTCTTT‑3’，SEQID NO：3所示，探针glub3T的5’端连接有报告荧光基团FAM，3’端连接有淬灭荧光基团BHQ1。利用引物glubF‑glubR和探针glubT结合微滴式数字PCR能够快速、简便的检测出Glu‑B3位点基因拷贝数变异情况，检测方法成本低且准确性高。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及检测小麦Glu-B3位点拷贝数的引物、探针及其检测方法。

背景技术

小麦被加工成各式各样的食品，如面条、馒头、糕点和饼干等，而这些面食的品质主要取决于小麦籽粒中的储藏蛋白，储藏蛋白中的醇溶蛋白和麦谷蛋白分别影响面团的延展性和粘弹性。麦谷蛋白的分布是面团特性和烘烤性能的一个重要决定因素，依据麦谷蛋白在十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)上的迁移率差异可分为：高分子量麦谷蛋白(HMW-GS),低分子量麦谷蛋白(Low-molecular-weight gluten in subunit,LMW-GS)。

LMW-GS含量约占储藏蛋白的三分之一，麦谷蛋白的60％左右，是麦谷蛋白大聚体的重要成分，很大程度上影响面筋强度和延展性，对小麦营养品质和加工品质的影响已经得到普遍认可。小麦LMW-GS亚基的组成、基因的拷贝数和表达量等都影响着小麦面粉的品质，进而影响小麦加工食品的品质。LMW-GS基因位于Glu-3位点(包括Glu-A3、Glu-B3和Glu-D3)，属于多基因家族，其基因拷贝数多、序列相似性高，目前该位点的基因组成和结构尚未完全了解，这极大地妨碍了对其功能的深入研究及其在分子育种中的应用。

发明内容

为解决上述技术问题，本发明提供了检测小麦Glu-B3位点拷贝数的引物、探针及其方法，具体采用如下技术方案：

用于检测小麦Glu-B3位点拷贝数的引物和探针，所述引物的核苷酸序列为：

上游引物glub3F：5’-CAAGTCATCTTTAGCAAGCATCAGG-3’；

下游引物glud3R：5’-AAGGTCTTCATGGTGGACTAGTGTT-3’；

探针glub3T的核苷酸序列为：5-ATAGTAGCCAGGGCACCACCTCTTT-3’，探针glub3T的5’端连接有报告荧光基团FAM，3’端连接有淬灭荧光基团BHQ1。

利用上述引物和探针检测小麦Glu-B3位点拷贝数的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1，制备反应体系，所述反应体系如下：

2×ddPCR Supermix for Probes 20ul，

终浓度900nM的目的上、下游引物各1.8ul，

终浓度900nM的内参上、下游引物各1.8ul，

终浓度250nM的目的探针0.5ul，

终浓度250nM的内参探针0.5ul，

终浓度330ng的DNA模板1.8ul，

所述DNA模板为小麦基因组DNA；

所述内参上游引物核苷酸序列为：5’-GCAATGTAGCTGCGCTTCAC-3’；