[发明专利]一种鉴定常见狐属彩狐和北极狐属彩狐的插入/缺失标记和方法

说明书

本发明提供一种鉴定常见狐属狐和北极狐狐属狐的插入/缺失标记和方法，包括如下步骤：基因组DNA的提取；PCR扩增；纯化后的PCR产物进行DNA测序，从而确定插入/缺失位点；通过序列比进行基因型分析，根据基因型结果进行狐群鉴定。本发明具有步骤简单、准确性高、特异性好，重复性好的优点，不需要特殊的仪器，适合常规实验室检测的需要。本发明方法可避免自然交配和人工繁殖造成的种质混杂，保护种质资源，更合理的选种和利用。

技术领域

本发明涉及一种常见狐属彩狐和北极狐属彩狐鉴定领域。

背景技术

插入/缺失(insertion/deletion，indel)突变是指在同一物种不同个体之间或亲缘相近的物种之间的基因组同一位点的序列发生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失，即一个序列上某一位点，与同源的另一个序列相比，插入或缺失了一个或多个碱基。Indel标记是一种基于PCR扩增技术的分子标记，本质上属于长度多态性标记。Indel标记具有许多优点，如稳定性好、多态性高、分型系统简单等，因此现在广泛应用于动植物育种工作中。

狐分狐属和北极狐属。狐属狐中赤狐为原始种，后突变出银黑狐，又从赤狐、银黑狐中突变出更多毛色各异的其他色型狐，统称狐属彩狐。北极狐属中蓝色北极狐为原始种，后突变出白色北极狐和其他色型的北极狐，统称北极狐属彩狐。狐属狐与北极狐属狐之间可以通过自然交配和人工授精达到属间杂交的目的。杂交后代体型外貌类似北极狐，毛色类似狐属狐，通过外观难以区分，但是杂交后代不具有繁殖能力，不能留作种用。成狐形态鉴定尚存在一定的困难，幼狐分类鉴定更是困难重重。不能够很好将狐属种群加以区分，会造成种质混杂和资源浪费。因此，提供一种鉴定常见狐属彩狐和北极狐属彩狐的分子标记的方法，避免自然交配和人工繁殖造成的种质混杂，保护种质资源，以成为目前迫切需要解决的问题。

发明内容

本发明的目的是提供一种常见的狐属彩狐和北极狐属彩狐鉴定方法及使用的分子标记引物。具有步骤简单、准确性高、特异性好，重复性好的优点有效可避免了自然交配和人工繁殖造成的种质混杂的问题。有利于保护种质资源，更合理的选种和利用。

本发明鉴定常见狐属彩狐和北极狐属彩狐的插入/缺失标记引物为上游：5′-GTGCAATAAATGATGATACC-3′，下游：5′-AAGCACCAGGTTCTGAGTAT-3′

鉴定常见狐属彩狐和北极狐属彩狐的方法：包括：

1)基因组DNA的提取：提取目标个体基因组DNA；

2)PCR扩增：采用本发明设计的引物，以目标个体基因组DNA为模板进行PCR扩增，并将PCR产物进行纯化；

3)纯化后的PCR产物进行DNA测序，从而确定插入/缺失位点；

所述步骤2)中的PCR扩增引物和步骤3)中的测序引物都为上游：5′-GTGCAATAAATGATGATACC-3′，下游：5′-AAGCACCAGGTTCTGAGTAT-3′

所述步骤2)中的PCR扩增的反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，50℃退火30s，72℃延伸30s，循环35次；72℃延伸10min。

所述PMEL基因插入/缺失突变位点的基因型的判定依据为：纯种狐属彩狐(赤狐、银黑狐和巧克力狐)的基因型为-/GCA(NBDQ01000039.1g.16018803del A/NBDQ01000039.1g.16019023-16019025ins GCA)，纯种北极狐属彩狐(蓝色北极狐和白色北极狐)的基因型为A/---(NBDQ01000039.1g.16018803ins A/NBDQ01000039.19.16019023-16019025del GCA)。

本发明的有益效果体现在：