[发明专利]大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点、引物及其应用

说明书

本发明公开了大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点、引物及其应用，大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点包括20个多态性微卫星位点，位点编号为pd‑01～pd‑20；其核苷酸序列依次如SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：20所示。本发明的大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点是从转录组序列中筛选出的微卫星标记位点，出现无效等位基因的概率小。本发明的多态微卫星标记位点均为高度多态性标记，可为大鳞副泥鳅群体遗传学分析，遗传多样性检测，构建遗传连锁图谱，亲缘关系鉴定，分子辅助育种提供强有力的工具。

技术领域

本发明属于动物微卫星标记技术领域，具体涉及大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点、引物及其遗传多样性检测。

背景技术

大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)是一种小型淡水经济鱼类，隶属于鲤形目(Cypriniformes)、鳅科(Cobitidae)、副泥鳅属(Paramisgurnus)。分布于我国的黑龙江、辽河中下游、海河水系、长江、钱塘江和台湾等水系。因其具有较高的食用价值和药用价值，在国内外市场广受欢迎，是我国出口韩国和日本的重要水产品之一。目前，我国大鳞副泥鳅养殖的苗种多为野生捕捞或者野生亲本繁殖而来，由于栖息环境的不断恶化和捕捞强度的增大，大鳞副泥鳅的野生资源量在不断减少，亟待开展大鳞副泥鳅种质资源状况评估及良种选育工作。

微卫星DNA又称简单重复序列，由2-6bp短核苷酸串联重复组成，均匀分布于真核生物基因组中。微卫星标记由于重复单元的重复次数不同，在不同的个体间呈现高度变异而表现出多态性。微卫星标记为共显性标记，可稳定遗传，遵循孟德尔遗传规律，结果重复性高，在群体遗传多样性和遗传结构分析、遗传连锁图谱的构建，QTL定位、不同种、品种鉴定以及亲子鉴定等领域应用广泛。目前，大鳞副泥鳅微卫星标记在Genebank数据库中只有124个，多数为跨种扩增得到的，其有效性和应用性比较局限。

发明内容

本发明的目的在于克服现有大鳞副泥鳅微卫星标记的不足，提供大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点。

本发明的第二个目的是提供大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点的引物。

本发明的第三个目的是提供大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点的引物在大鳞副泥鳅遗传多样性检测中的应用。

本发明的技术方案概述如下：

大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点，包括第1微卫星位点pd-01～第20微卫星位点pd-20，所述第1微卫星位点pd-01～第20微卫星位点pd-20的核苷酸序列依次如SEQ IDNO.1～SEQ ID NO.20所示。

大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点的引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.21～SEQID NO.60所示。

上述大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点的引物在大鳞副泥鳅遗传多样性检测中的应用。

所述的应用，包括如下步骤：

(1)大鳞副泥鳅基因组DNA的提取；

(2)微卫星位点PCR扩增：在权利要求2各个大鳞副泥鳅微卫星标记位点的正向引物5’端连接荧光基团进行修饰，以大鳞副泥鳅基因组为模板，用对应的修饰的正向引物，和反向引物进行PCR扩增，获得扩增产物；

(3)扩增产物在ABI 3730XL基因分析仪上进行分型，用GS-500 LIZ作为内参，用peak Scanner Software(v1.0)软件读取个体的基因型；

(4)遗传多样性分析：根据每个个体微卫星位点的基因型，利用PopGene 32计算遗传多样性参数。

本发明的优点和积极效果是：

1、本发明的大鳞副泥鳅多态微卫星标记位点是从转录组序列中筛选出的微卫星标记位点，出现无效等位基因的概率小。