[发明专利]一种利用生信技术挖掘ASFV核酸检测序列的方法

说明书

本发明公开了一种利用生信技术挖掘ASFV核酸检测序列的方法，本发明涉及生物信息学和病毒检测技术领域。该利用生信技术挖掘ASFV核酸检测序列的方法，提供了3个R语言脚本、3个Perl语言脚本，搭配chewBBACA软件，将公共数据库中可获得的所有ASFV全基因组序列进行分析、挖掘，找到保守且特异的序列和保留序列信息的矩阵文件，将这些序列根据矩阵文件信息，重新分配还原至对应的ASFV序列，并将序列按照在基因组上从5’到3’方向排序，根据ASFV的注释信息，获得这些序列所在ORF对应的功能基因名称，最后得到所有可以作为ASFV核酸检测的基因及序列信息，该生物信息学技术对于其他病毒的核酸检测序列的挖掘具有重要的指导意义和较高的应用价值。

技术领域

本发明涉及生物信息学和病毒检测技术领域，具体为一种利用生信技术挖掘ASFV核酸检测序列的方法。

背景技术

非洲猪瘟病毒(Africa Swine Fever Virus，以下统称ASFV)是一种传染力强、急性、高致死率、感染猪的病毒，自1921年首次在肯尼亚出现后，现已广泛传播全球，并于2018年在中国爆发，目前已对农业经济造成重大损失，精准快速检测ASFV对于预防病毒感染及控制病毒传播具有重要作用。

核酸检测具有灵敏性高、特异性好的优势，是ASFV早期感染诊断的主流方法。目前ASFV的核酸检测几乎都是针对其p72基因设计引物探针，ASFV基因组大小在171-193kb，而p72基因大小只有1941bp，仅仅覆盖整个基因组约1％，当前研究表明ASFV基因组存在大量插入或缺失突变，其基因组也存在较大量的重组事件，尽管目前该病毒还未发生在p72基因上大量突变，但无法保证未来该病毒是否会在该基因上发生较大的插入或缺失突变，如果发生这些突变，那么目前基于该基因(p72)设计的大量检测试剂盒将无法有效检测ASFV，所以，开发一种该病毒的其它基因作为核酸检测序列的方法，并且挖掘出尽可能多的核酸检测序列作为储备，对于全面检测ASFV及控制病毒传播具有重要意义。

用于病毒的核酸检测要求扩增的目标序列保守且特异，尽管ASFV是DNA病毒，但是它较容易发生基因组的插入或缺失突变，所以挖掘针对不同基因片段作为检测目标片段是保证核酸检测方法多样性且长效性的有效手段，要挖掘尽可能多的保守且特异的核酸序列需要用到生物信息学手段，所以本发明利用生物信息学技术，开发了一个可以挖掘ASFV中所有保守特异的核酸序列的方法用于ASFV的核酸检测。

发明内容

(一)解决的技术问题

针对现有技术的不足，本发明提供了一种利用生信技术挖掘ASFV核酸检测序列的方法，解决了现有用于病毒的核酸检测要求扩增的目标序列保守且特异，尽管ASFV是DNA病毒，但是它较容易发生基因组的插入或缺失突变的问题。

(二)技术方案

为实现以上目的，本发明通过以下技术方案予以实现：一种利用生信技术挖掘ASFV核酸检测序列的方法，具体包括以下步骤：

S1、首先从NCBI的核酸数据库获得已有的ASFV基因组，将每个基因组作为一个单独FASTA格式文件下载，然后对文件进行命名，再将所有文件存放在一个文件夹，对文件夹命名，例如基因组ID为AM712239的基因组fasta文件命名为AM712239.fa，如ID中含有下划线一律删除下划线；

S2、另创建一个ref-genome文件夹，可自定义命名，随机选择两个或者多个基因组文件放入其中，并以其中的一个作为参考基因组，本发明选择的参考基因组是Genbankaccession为U18466.2的ASFV基因组，用chewBBACA软件先对基因组进行分析挖掘出wholegenes；