[发明专利]用于检测Ph-like ALL相关基因重排的探针芯片、试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种用于检测Ph‑like ALL相关基因重排的探针组、探针芯片和试剂盒，及其在制备费城染色体样急性淋巴细胞白血病的诊断剂中的应用。采用本发明的探针组、探针芯片和试剂盒能在一张玻片上检测Ph‑like ALL相关的多个基因重排靶点，检测成本更低，操作更加便捷，结果误差更小。

技术领域

本发明涉及白血病分子诊断技术领域，尤其是一种用于检测Ph-like ALL相关基因重排的探针芯片、试剂盒及其应用。

背景技术

费城染色体样急性淋巴细胞白血病(philadelphia chromosome-like acute lymPhoblastic leukemia,Ph-like ALL)是一种新的急性淋巴细胞白血病亚型，表现为Ph染色体或BCR/ABL1融合基因阴性，但基因表达谱与Ph阳性ALL相似，与不良预后相关。Ph-likeALL通常引起细胞因子受体和/或酪氨酸激酶信号的激活并级联放大，导致下游相关信号通路的活化。

BCR-ABL1-like B-lymphoblastic leukaemia/lymphoma(B-ALL/LBL)鉴别困难，镜下没有典型的可于ALL其他类型区别的形态学或细胞化学特征。BCR-ABL1-like B-ALL/LBL占ALL中10-25％，在标危(美国NCI分类)儿童群体中的频率低于高危儿童、青少年和成人。BCR-ABL1-like B-ALL在遗传学特征上表现出不同类型的染色体重排，涉及许多基因和各种伙伴基因，其中CRLF2重排可能占到一半，此外，涉及酪氨酸激酶突变的易位可以累及ABL1(伙伴基因并非BCR)、ABL2、PDGFRB、NTRK3、TYK2、CSF1R、JAK2等，形成30余种伴侣基因。还有很多病例中出现与白血病生成相关的基因的缺失或突变，如IKZF1和CDKN2A/B。预后方面，BCR-ABL1-like ALL预后差，MRD残留风险高^【1、^2】。NCCN指南诊断建议使用包括间期FISH在内的技术用于细胞遗传学异常检测，当BCR-ABL1阴性时要考虑进行与Ph-like ALL相关的其他融合基因的检测^【3】。

临床研究显示此类白血病对酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitors,TKIs)敏感，可提高患者5年生存率，改善患者预后。临床检测ph-like ALL需要联合流式细胞术、细胞遗传学、FISH(荧光原位杂交)以及分子突变和缺失的检测。通过分层诊治、风险分层，能够确保高危ALL患者获得适当强度化疗、对低危ALL避免不必要的毒副作用。

Philadelphia chromosome(Ph)–like或BCR-ABL1–like ALL是ALL中的高危亚型，涉及激酶或细胞因子受体基因的重排、突变或拷贝数改变。目前，在不同研究中使用多种方法进行Ph-like ALL相关染色体或基因异常检测。例如Roberts K G的一项针对成人的Ph–like ALL研究中采用多种方法进行了检测：Affymetrix U133Plus 2.0microarrays、Taqman low-density array针对性检测P2RY8-CRLF2、BCR-ABL1、ETV6-ABL1、TCF3-PBX1、DUX4/ERG等融合基因；Affymetrix SNP 6.0microarrays或Illumina Infinium Omni2.5检测SNP位点；Illumina HISeq 2000platform进行RNA-seq测定；FISH确定CRLF2重排(IGH-CRLF2或P2RY8-CFRLF2)；PCR和Sanger测序验证JAK1和JAK2的序列突变等。通过Ph-likeALL转录组测序发现，基因重排包括CRLF2(51％)、ABL class fusions(ABL1,ABL2,CSF1R,PDGFRA和PDGFRB；9.8％)、JAK2(7.2％)或EPOR(5.2％)^【4】。