[发明专利]一种用于肺炎支原体的多位点SNP基因分型方法

说明书

本发明公开了一种用于肺炎支原体的多位点SNP基因分型方法，属于肺炎支原体基因分型技术领域。本发明通过对肺炎支原体全基因测序株序列比对分析，筛选出遗传稳定、种间区分度高的6个SNP位点，并将其组合使用，可将肺炎支原体分成63个基因型，每个基因型都是固定的，该方法分型准确，重复性好，操作简单，可同时进行大批量样品检测，其分性能力比现有的MLVA和SNP分型技术区分度强，既包含了传统的两种基因型肺炎支原体分型理念，又具备了高分辨率能力，为一种优秀的肺炎支原体基因分型技术。

技术领域

本发明属于肺炎支原体基因分型技术领域，具体地说，涉及一种用于肺炎支原体的多位点SNP基因分型方法。

背景技术

肺炎支原体是引起人类呼吸道感染的重要致病菌之一，每年约有10％-40％的社区获得性肺炎是由其感染所引起的。近年研究发现，肺炎支原体的流行、毒力以及耐药与其基因型可能存在关联，因此，肺炎支原体基因分型技术不但是研究其基因差异和抗原变异的重要途径，也是了解其流行暴发的最重要手段。传统的肺炎支原体基因分型技术主要可以将其分为1型和2型两种基因型，随着研究深入，目前两种型别菌株出现了少数变异型别菌株，但经全基因组序列分析研究，其整体基因水平上仍然属于1型和2型这两大型别范畴，两种基因型的菌株在肺炎支原体的流行研究中具有重要的意义。但是，其对于肺炎支原体的区分能力非常有限，尤其在局部爆发溯源等研究中缺乏区分能力。因此，需区分度高，稳定性好且操作简便的基因分型技术。

随着研究深入，MLVA、MLST以及SNP等多位点分型方法相继在肺炎支原体分型中建立并逐渐应用。但是各种方法均存在局限性，使其应用受限。MLVA技术是最早建立的肺炎支原体多位点分型技术，其通过5个VNTR位点可将肺炎支原体分为几十个基因型，但是随着研究深入，发现其区分能力最高的位点不稳定，不能使用。因此在2015年，国际支原体学会去除了MLVA基因分型中的此位点，用余下的四个VNTR位点进行MLVA分型，但研究表明，其余的四个位点的分型能力非常差，通过对报道的10篇SCI文献报道的超过1100株肺炎支原体MLVA分型分析，发现95％以上的MLVA型菌株的Mpn13和Mpn15位点的基因型结果与传统的1型和2型菌株一致。国内肺炎支原体菌株中超过90％的MLVA4-5-7-2型菌株对应了基因型1型菌株，95％的MLVA3-5-6-2型菌株对应基因型2型菌株，这意味着，当前的MLVA分型技术对于国内肺炎支原体的分型能力几乎和传统的两种基因型分型方法一样缺乏区分能力。

肺炎支原体的MLST分型技术在2015年建立，利用8个管家基因中的SNP位点，可将其分为12个ST型。但是MLST操作十分复杂，检测结果需要在线递交到专门的数据库中进行分析，分析后才能指定所递交序列的ST型，使用起来十分麻烦，因此MLST分型技术在肺炎支原体中几乎没有实际使用的报道。

肺炎支原体SNP分型技术在2015年建立，其利用了8个管家基因将所研究的肺炎支原体分为SNP1-9九种基因型，但是对于国内肺炎支原体菌株，其区分能力有限，仅可分为三个基因型，其中超过90％的基因型属于SNP1、8型。由此可见，以上几种多位点的基因分型技术在肺炎支原体中应用均存在问题，并且分型结果不能与传统的两种基因型结果相容。因此，急需建立一种适合中国国内肺炎支原体菌株分型的高分辨力分型技术，既有较高的分子分型能力，还能够兼容传统的两种基因型分型结果，改变当前肺炎支原体基因分型混乱现状。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术的对于国内肺炎支原体菌株分型能力的不足，提供一种用于肺炎支原体的多位点SNP基因分型方法。