[发明专利]捕获包含靶寡核苷酸序列的核酸的方法及其用途

说明书

本发明提供了从核酸库捕获包含靶寡核苷酸序列的核酸的方法，包括：使核酸库与探针接触，所述核酸库包括一个包含靶寡核苷酸序列的核酸，所述探针包含与靶寡核苷酸序列互补的序列，其中所述接触可在基于四甲基氯化铵(TMAC)的缓冲液中，在约60℃至约70℃的温度下进行，所述接触可使靶寡核苷酸序列和与靶寡核苷酸序列互补的序列杂交，从而产生杂交产品；将杂交产物与库中不包含靶寡核苷酸序列的核酸分离。本发明还提供了用于实施上述方法的组合物。

技术领域

本发明涉及寡核苷酸杂交和核酸纯化领域，特别是涉及一种从核酸库中捕获包含靶寡核 苷酸序列的核酸的方法及其用途。

背景技术

新一代测序可使无数基因组在一段时间内进行测序。尽管现有技术先进，但全基因组测 序仍非常昂贵，因此需要靶富集。

有两种类型的靶富集策略：基于扩增子和基于杂交。扩增子策略依赖于使用称为引物的 短互补核苷酸序列，通过基于聚合酶链反应(PCR)的靶扩增来进行富集。但这会导致DNA 片段的缺失，从而导致变体缺失，发生错误。另一方面，杂交策略依赖于基于互补性的DNA 结合片段，从而可针对给定靶标，有效地捕获所有变体。但杂交策略存在链偏差、不均匀覆 盖，以及低效结合和捕获等问题。

发明内容

在本发明提供的方法中使用新的基于四甲基氯化铵(TMAC)的缓冲液，可提供比本领 域已知的其他方法较低的脱靶率和较均匀的靶标覆盖率。鉴于此，本发明提供一种从核酸库 捕获包含靶寡核苷酸序列的核酸的方法，包括：使核酸库与探针接触，所述核酸库包括一个 包含靶寡核苷酸序列的核酸，所述探针包含与靶寡核苷酸序列互补的序列，其中所述接触在 基于TMAC的缓冲液中，在约60℃至约70℃的温度下进行，所述接触使靶寡核苷酸序列和 与靶寡核苷酸序列互补的序列杂交，从而产生杂交产品；将杂交产物与库中不包含靶寡核苷 酸序列的核酸分离。

在一些实施例中，所述接触步骤在约64℃至约66℃的温度下进行。

在一些实施例中，所述杂交产物是RNA-DNA产物。

在一些实施例中，所述基于TMAC的缓冲液包含约0.5M至约4.0M的TMAC。

在本说明书所述任何方法的一些实施例中，基于TMAC的缓冲液还包含以下一种或多种： 约10mM至约200mM的2-氨基-2-(羟甲基)丙烷-1,3-二醇(Tris)；约1X到约5X的Denhardt’s 溶液；约0.01％至约0.2％的吐温20(Tween-20)；约0.5mM至约10mM的乙二胺四乙酸 (EDTA)；约0.5％至约25％(v/v)的甲酰胺。

在本说明书所述任何方法的一些实施例中，基于TMAC的缓冲液还包含：约10mM至约200mM的2-氨基-2-(羟甲基)丙烷-1,3-二醇(Tris)；约1X到约5X的Denhardt’s溶液；约0.01％至约0.2％的吐温20；约0.5mM至约10mM的乙二胺四乙酸(EDTA)；约0.5％至约 25％(v/v)的甲酰胺。

在一些实施例中，基于TMAC的缓冲液包含：约40mM至约60mM的2-氨基-2-(羟甲基)丙烷-1,3-二醇(Tris)；约2X至约3X的Denhardt’s溶液；约0.01％至约0.05％吐温20；约0.5mM至约7mM乙二胺四乙酸(EDTA)；约0.5％至约25％(v/v)的甲酰胺。

在本说明书所述任何方法的一些实施例中，基于TMAC的缓冲液包含约2.7M的TMAC、 约50mM的Tris(pH8.0)、约2.5X的Denhardt’s溶液、约0.010％的吐温20、约6mM的EDTA，和约20％的甲酰胺。

在本说明书所述任何方法的一些实施例中，基于TMAC的缓冲液包括约5.4M的TMAC、 约100mM的Tris(pH8.0)、约5X的Denhardt’s溶液、约0.02％的吐温20和约12mM的EDTA。