[发明专利]一种DNA与RNA同时定量的试剂盒、方法及质控方法

说明书

本发明涉及一种对含有核酸的样本中DNA与RNA同时定量的试剂盒、方法及质控方法，属于分子生物学领域。本发明的试剂盒中，核酸包含管家基因，管家基因包含第一内含子和与第一内含子相邻的两个外显子，两个外显子分别为第一外显子和第二外显子；试剂盒包含能够特异性退火至第一外显子和第二外显子的核酸序列的扩增引物、可与第一内含子杂交的第一杂交探针以及可与第一外显子或第二外显子杂交的第二杂交探针，第一杂交探针和第二杂交探针上带有不同的标记物。本发明还将DNA与RNA同时定量的测量值与高通量测序检测值进行质控比较，提供了DNA与RNA品质的双质控方法，该方法适用于快速方便地评估样本品质是否适合进行操作及成本都要求较高的高通量测序基因检测。

技术领域

本发明涉及一种DNA与RNA同时定量的试剂盒、方法及质控方法，属于分子生物学领域。

背景技术

下一代测序(NGS)技术在过去的十年里彻底改变了基因组学领域。每次NGS运行通常生成关于每次测序运行的并行数十万到数十亿个DNA模板的数千兆序列信息。目前用于人类基因组测序的成本已经达到1000美元的基准。NGS技术的低成本和高通量使得人们能够使用核酸测序作为临床工具。

然而，要达到NGS临床应用所需的期望成本、速度、分析灵敏度和准确度，仍然存在许多挑战。临床样本，诸如活检样本和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本，仅提供了少量的起始材料。NGS建库可以使用DNA或RNA做为起始模版，分别适用于不同的基因突变类型的检测。临床样本中的核酸往往由于长期在室温存放，其中的核酸特别是RNA大量降解，使RNA模版建库变得困难。临床常用的对样本进行福尔马林固定的处理过程使核酸产生交联或破坏，使得NGS建库效率下降并使检测结果背景增高。因此，在耗费大量时间和成本构建NGS文库前快速方便地对DNA和RNA模版进行含量和质量评估是必要的。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于DNA与RNA同时定量的试剂盒、方法与试剂盒以及DNA与RNA的品质控制方法。

为实现上述目的，本发明采取的技术方案为：

第一方面，本发明提供了一种对含有核酸的样本中DNA与RNA同时定量的试剂盒，其中，所述核酸包含管家基因，所述管家基因包含碱基数小于300的第一内含子和与所述第一内含子相邻的两个外显子，两个所述外显子分别为第一外显子和第二外显子；所述试剂盒包含能够特异性退火至所述第一外显子和第二外显子的核酸序列的扩增引物、可与第一内含子杂交的第一杂交探针以及可与第一外显子或第二外显子杂交的第二杂交探针，所述第一杂交探针和第二杂交探针上带有不同的标记物。

优选地，所述试剂盒还包含PCR反应液和反转录反应液。优选地，所述PCR反应液包括DNA聚合酶、脱氧核苷酸、无机盐和pH缓冲液；所述反转录反应液包括反转录酶、脱氧核苷酸、无机盐和pH缓冲液。

优选地，所述试剂盒还包括随机引物或与mRNA polyA尾互补的poly-dT多聚核苷酸引物。

优选地，所述第一杂交探针和第二杂交探针上带有发光波长不同的发光基团。

优选地，所述发光基团为FAM、ROX、HEX、CY5、TET或VIC。

优选地，如下(a)～(e)中的任一种：

(a)所述核酸包含基因组DNA或其片段；

(b)所述核酸包含RNA；

(c)所述核酸包含cDNA或其片段,优选地，所述cDNA通过逆转录总RNA、mRNA、miRNA或其他非编码RNA获得；

(d)所述核酸包含基因组DNA和RNA；

(e)所述核酸包含基因组DNA和cDNA。

优选地，所述样本来源于血液样本、细胞样本、组织样本、食物样本、环境样本或生物样本。