[发明专利]一种DNA与RNA同时定量的试剂盒、方法及质控方法

权利要求书

1.一种对含有核酸的样本中DNA与RNA进行质控的方法，其特征在于，包括以下步骤:

S1.从核酸中选取一个内参基因，所述内参基因包含碱基数小于300的第一内含子、碱基数大于300的第二内含子、与所述第一内含子相邻的两个外显子和与所述第二内含子相邻的两个外显子；其中，与第一内含子相邻的两个外显子分别为第一外显子和第二外显子，与第二内含子相邻的两个外显子分别为第三外显子和第四外显子；

S2.以含有第一内含子的内参基因作为管家基因，对含有核酸的样本中DNA与RNA同时定量；

S3.第三外显子边缘的一条建库引物用于以所述核酸为模版的RNA单端锚定建库；以第二内含子与第三外显子交界区的碱基测序读数计量内参基因的DNA扩增产物，以第四外显子的测序读数计量内参基因的RNA扩增产物，以两个测序读数的比例判断下一代测序文库的RNA建库质量；

S4.根据DNA与RNA同时定量的结果以及判断NGS文库的RNA建库质量的结果，综合分析样本中DNA与RNA的品质；

其中步骤S2中所述对含有核酸的样本中DNA与RNA同时定量具体包括以下步骤：

(1)选取所述管家基因，以所述核酸为模板进行反转录，使核酸中的RNA转化为cDNA；

(2)以步骤(1)反转录后的产物为模板，以扩增引物为引物，同时加入第一杂交探针和第二杂交探针，进行PCR扩增，得到扩增子；

(3)检测第一杂交探针和第二杂交探针上标记物所产生的信号，对含有核酸的样本中DNA与RNA进行定量，定量的方法为：分别记录第一杂交探针和第二杂交探针上标记物对应的Ct值，通过Ct值的绝对值以及差值分析样本中DNA与RNA的品质；其中，所述Ct值为标记物所产生信号达到设定检测阈值时对应的扩增循环数；

所述扩增引物能够特异性退火至所述第一外显子和第二外显子的核酸序列；所述第一杂交探针可与第一内含子杂交；所述第二杂交探针可与第一外显子或第二外显子杂交，所述第一杂交探针和第二杂交探针上带有不同的标记物；

所述管家基因为人类CHMP2A基因。

2.一种对含有核酸的样本中DNA与RNA进行质控的方法，其特征在于，包括以下步骤:

S1.从核酸中选取一个内参基因，所述内参基因包含碱基数小于300的第一内含子、碱基数大于300的第二内含子、与所述第一内含子相邻的两个外显子和与所述第二内含子相邻的两个外显子；其中，与第一内含子相邻的两个外显子分别为第一外显子和第二外显子，与第二内含子相邻的两个外显子分别为第三外显子和第四外显子；

S2.以含有第一内含子的内参基因作为管家基因，对含有核酸的样本中DNA与RNA同时定量；

S3.第三外显子边缘的一条建库引物用于以所述核酸为模版的RNA单端锚定建库；以第二内含子与第三外显子交界区的碱基测序读数计量内参基因的DNA扩增产物，以第四外显子的测序读数计量内参基因的RNA扩增产物，以两个测序读数的比例判断下一代测序文库的RNA建库质量；

S4.根据DNA与RNA同时定量的结果以及判断NGS文库的RNA建库质量的结果，综合分析样本中DNA与RNA的品质；

其中步骤S2中所述对含有核酸的样本中DNA与RNA同时定量具体包括以下步骤：

(1)选取所述管家基因，以所述核酸为模板进行反转录，使核酸中的RNA转化为cDNA；

(2)以步骤(1)反转录后的产物为模板，以扩增引物为引物，同时加入第一杂交探针和第二杂交探针，进行PCR扩增，得到扩增子；

(3)以所述核酸为模板，以扩增引物为引物，同时加入第一杂交探针和第二杂交探针，进行PCR扩增；

(4)分别检测步骤(2)与步骤(3)中第一杂交探针和第二杂交探针上标记物所产生的信号，对含有核酸的样本中DNA与RNA进行定量，定量的方法为：分别记录步骤(2)与步骤(3)中第一杂交探针和第二杂交探针上标记物对应的Ct值，通过步骤(3)中第一杂交探针和/或第二杂交探针上标记物的Ct值分析样本中DNA的品质，通过步骤(2)中第一杂交探针上标记物的Ct值与步骤(3)中第一杂交探针上标记物的Ct值之差分析样本中RNA的品质；其中，所述Ct值为标记物所产生信号达到设定检测阈值时对应的扩增循环数；

所述扩增引物能够特异性退火至所述第一外显子和第二外显子的核酸序列；所述第一杂交探针可与第一内含子杂交；所述第二杂交探针可与第一外显子或第二外显子杂交，所述第一杂交探针和第二杂交探针上带有不同的标记物；

所述管家基因为人类CHMP2A基因。