[发明专利]用于膀胱癌监视的DNA甲基化和突变分析方法

说明书

本申请涉及监测膀胱癌患者并且分析患者样品中甲基化DNA和任选的特定基因突变的存在的方法。在一些实施方案中，分析结果与临床结果指标(例如膀胱癌复发的风险)相关。

技术领域

本公开文本涉及监测膀胱癌患者并且分析患者样品中甲基化DNA和任选的特定基因突变的存在的方法。在一些实施方案中，分析结果与临床结果指标(例如膀胱癌复发的风险)相关。

背景技术

膀胱癌是工业化国家中最常见的癌症之一，并且是诊断和监测最昂贵的癌症之一。(参见R.Siegel等人,CA Cancer J Clin 63:11-30(2013)；并且参见例如T.ReinertAdv.Urol.,文章ID 503271,doi:10.1155/2012/503271,第1-11页(2012)；还参见A.Feber等人,Clin.Epigenetics 9:8doi:10.1186/s13148-016-0303-5(2017))。例如，大多数新病例以非肌肉浸润性膀胱癌呈现，具有低转移概率，但是仍有发展为更具攻击性的疾病(例如，高级别、肌肉浸润性)的潜力，并且监测患者的疾病的更具攻击性形式的发展需要在相当长的一段时间(例如5年或更长时间)内进行频繁的监视，包括昂贵的和侵入性膀胱镜检查程序。(参见，例如，M.Babjuk等人Eur.Urol.59:997-1008(2011)；B.W.van Rhijn等人,Eur.Urol.56:430-42(2009)；M.F.Botteman等人,Pharmacoeconomics 21:1315-30(2003))。可以对一些患者进行例如膀胱镜检查以进行初步诊断，并且然后在手术治疗后三个月进行此检查，并且如果是阴性，然后在9个月至1年的间隔后进行此检查，持续接下来的5年。在某些高风险患者中，可以在手术后最高至2年中每3个月进行膀胱镜检查，在随后的3年中每6个月进行此检查，并且然后此后每年进行此检查。(参见Reinert，第1页。)因此，非侵入性诊断测试(例如，在此主动监视治疗时期期间作为膀胱镜检查的补充)可能会有所帮助，因为它们可以提供关于患者复发风险状态的其他信息。膀胱癌诊断测试的一个目标还在于在主动监视期间，允许消除或减少膀胱镜检查测试频率。

先前的研究表明，DNA甲基化(其中甲基基团添加到在CpG二核苷酸段中的胞嘧啶的第5个碳上)可能会在基因编码序列内部以及在人类基因组中的所谓CpG岛中出现。通常，CpG岛中的CpG二核苷酸在正常细胞中未甲基化，然而在基因编码区中的分离序列段中发现的CpG二核苷酸在正常细胞中可能被甲基化。与正常细胞相比，癌细胞中CpG岛区域外部的CpG二核苷酸的甲基化可能显著更低。(参见Reinert，第4页。)多项研究显示，膀胱癌细胞将DNA“泄漏”到尿液中，并且此DNA可以通过查看尿液样品中的基因的甲基化而被检测到。(同上第4-5页，表3。)本公开文本描述了通过检查尿沉渣样品中的DNA甲基化以及基因突变的存在来评估膀胱癌患者复发风险的基因集和算法。

发明内容

本申请公开了监测患有膀胱癌的患者的方法，所述方法包括，例如，从患者获得尿沉渣样品；对来自样品的DNA进行亚硫酸氢盐转化；对经亚硫酸氢盐转化的DNA进行甲基化特异性定量PCR，以确定样品中来自基因集的甲基化DNA的量和/或浓度，所述基因集包含选自MEIS1、NKPD1、ONECUT2、KLF2、OSR1、SOX1、EOMES、DDX25和TMEM106A的至少四种基因和至少一种参考基因。在一些实施方案中，所述患者已被诊断为患有非肌肉浸润性膀胱癌。在一些实施方案中，所述患者的肿瘤先前已被诊断为Ta、Tis、T0或低级别。在一些实施方案中，所述患者的肿瘤先前已被诊断为T1或高级别。在一些实施方案中，所述患者已被诊断为患有肌肉浸润性膀胱癌。在一些实施方案中，所述方法在膀胱镜检查之前进行。在一些实施方案中，所述方法在阴性膀胱镜检查之后进行。在一些实施方案中，例如，作为主动监视访视的一部分，所述方法进行至少每年一次，例如每六个月一次，或每三个月一次。