[发明专利]用于检测、预测和监测癌症的循环RNA

权利要求书

1.一种在患有或被怀疑患有癌症的个体中确定癌症状态的方法，该方法包括：

获得该个体的体液的样品；

确定该样品中cfRNA的量，其中该cfRNA衍生自癌症相关基因；和

将该cfRNA的量与该癌症状态相关联，其中该癌症状态是以下中的至少一种：转移的存在、癌症干细胞的存在、免疫抑制性肿瘤微环境的存在和针对该癌症的免疫感受态细胞的增加或降低的活性。

2.如权利要求1所述的方法，其中该癌症相关基因是癌症关联基因、癌症特异性基因、癌症驱动子基因或编码患者和肿瘤特异性新表位的基因。

3.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中该癌症相关基因选自由以下组成的组：ABL1、ABL2、ACTB、ACVR1B、AKT1、AKT2、AKT3、ALK、AMER11、APC、AR、ARAF、ARFRP1、ARID1A、ARID1B、ASXL1、ATF1、ATM、ATR、ATRX、AURKA、AURKB、AXIN1、AXL、BAP1、BARD1、BCL2、BCL2L1、BCL2L2、BCL6、BCOR、BCORL1、BLM、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRD4、BRIP1、BTG1、BTK、EMSY、CARD11、CBFB、CBL、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CD274、CD79A、CD79B、CDC73、CDH1、CDK12、CDK4、CDK6、CDK8、CDKN1A、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CEA、CEBPA、CHD2、CHD4、CHEK1、CHEK2、CIC、CREBBP、CRKL、CRLF2、CSF1R、CTCF、CTLA4、CTNNA1、CTNNB1、CUL3、CYLD、DAXX、DDR2、DEPTOR、DICER1、DNMT3A、DOT1L、EGFR、EP300、EPCAM、EPHA3、EPHA5、EPHA7、EPHB1、ERBB2、ERBB3、ERBB4、EREG、ERG、ERRFI1、ESR1、EWSR1、EZH2、FAM46C、FANCA、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCL、FAS、FAT1、FBXW7、FGF10、FGF14、FGF19、FGF23、FGF3、FGF4、FGF6、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FH、FLCN、FLI1、FLT1、FLT3、FLT4、FOLH1、FOXL2、FOXP1、FRS2、FUBP1、GABRA6、GATA1、GATA2、GATA3、GATA4、GATA6、GID4、GLI1、GNA11、GNA13、GNAQ、GNAS、GPR124、GRIN2A、GRM3、GSK3B、H3F3A、HAVCR2、HGF、HNF1A、HRAS、HSD3B1、HSP90AA1、IDH1、IDH2、IDO、IGF1R、IGF2、IKBKE、IKZF1、IL7R、INHBA、INPP4B、IRF2、IRF4、IRS2、JAK1、JAK2、JAK3、JUN、MYST3、KDM5A、KDM5C、KDM6A、KDR、KEAP、KEL、KIT、KLHL6、KLK3、MLL、MLL2、MLL3、KRAS、LAG3、LMO1、LRP1B、LYN、LZTR1、MAGI2、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAP3K1、MCL1、MDM2、MDM4、MED12、MEF2B、MEN1、MET、MITF、MLH1、MPL、MRE11A、MSH2、MSH6、MTOR、MUC1、MUTYH、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、MYH、NF1、NF2、NFE2L2、NFKB1A、NKX2-1、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NPM1、NRAS、NSD1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、NUP93、PAK3、PALB2、PARK2、PAX3、PAX、PBRM1、PDGFRA、PDCD1、PDCD1LG2、PDGFRB、PDK1、PGR、PIK3C2B、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3R1、PIK3R2、PLCG2、PMS2、POLD1、POLE、PPP2R1A、PREX2、PRKAR1A、PRKC1、PRKDC、PRSS8、PTCH1、PTEN、PTPN11、QK1、RAC1、RAD50、RAD51、RAF1、RANBP1、RARA、RB1、RBM10、RET、RICTOR、RIT1、RNF43、ROS1、RPTOR、RUNX1、RUNX1T1、SDHA、SDHB、SDHC、SDHD、SETD2、SF3B1、SLIT2、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMO、SNCAIP、SOCS1、SOX10、SOX2、SOX9、SPEN、SPOP、SPTA1、SRC、STAG2、STAT3、STAT4、STK11、SUFU、SYK、T(BRACHYURY)、TAF1、TBX3、TERC、TERT、TET2、TGFRB2、TNFAIP3、TNFRSF14、TOP1、TOP2A、TP53、TSC1、TSC2、TSHR、U2AF1、VEGFA、VHL、WISP3、WT1、XPO1、ZBTB2、ZNF217、ZNF703、CD26、CD49F、CD44、CD49F、CD13、CD15、CD29、CD151、CD138、CD166、CD133、CD45、CD90、CD24、CD44、CD38、CD47、CD96、CD 45、CD90、ABCB5、ABCG2、ALCAM、α-胎蛋白、DLL1、DLL3、DLL4、内皮因子、GJA1、OVASTACIN、AMACR、巢蛋白、STRO-1、MICL、ALDH、BMI-1、GLI-2、CXCR1、CXCR2、CX3CR1、CX3CL1、CXCR4、PON1、TROP1、LGR5、MSI-1、C-MAF、TNFRSF7、TNFRSF16、SOX2、平足蛋白、L1CAM、HIF-2α、TFRC、ERCC1、TUBB3、TOP1、TOP2A、TOP2B、ENOX2、TYMP、TYMS、FOLR1、GPNMB、PAPPA、GART、EBNA1、EBNA2、LMP1、MICA、MICB、MBLL、ULBP1、ULBP2、ULBP3、ULBP4、ULBP5、ULBP6、BAGE、BAGE2、BCMA、C10ORF54、CD4、CD8、CD19、CD20、CD25、CD30、CD33、CD80、CD86、CD123、CD276、CCL1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL7、CCL8、CCL11、CCL13、CCL14、CCL15、CCL16、CCL17、CCL18、CCL19、CCL20、CCL21、CCL22、CCL23、CCL24、CCL25、CCL26、CCL27、CCL28、CCR1、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CCR8、CCR9、CCR10、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL12、CXCL13、CXCL14、CXCL16、CXCL17、CXCR3、CXCR5、CXCR6、CTAG1B、CTAG2、CTAG1、CTAG4、CTAG5、CTAG6、CTAG9、CAGE1、GAGE1、GAGE2A、GAGE2B、GAGE2C、GAGE2D、GAGE2E、GAGE4、GAGE10、GAGE12D、GAGE12F、GAGE12J、GAGE13、HHLA2、ICOSLG、LAG1、MAGEA10、MAGEA12、MAGEA1、MAGEA2、MAGEA3、MAGEA4、MAGEA4、MAGEA5、MAGEA6、MAGEA7、MAGEA8、MAGEA9、MAGEB1、MAGEB2、MAGEB3、MAGEB4、MAGEB6、MAGEB10、MAGEB16、MAGEB18、MAGEC1、MAGEC2、MAGEC3、MAGED1、MAGED2、MAGED4、MAGED4B、MAGEE1、MAGEE2、MAGEF1、MAGEH1、MAGEL2、NCR3LG1、SLAMF7、SPAG1、SPAG4、SPAG5、SPAG6、SPAG7、SPAG8、SPAG9、SPAG11A、SPAG11B、SPAG16、SPAG17、VTCN1、XAGE1D、XAGE2、XAGE3、XAGE5、XCL1、XCL2、XCR1、DCC、UNC5A、神经突起生长导向因子和IL8。