[发明专利]从患者肿瘤分离的识别野生型抗原和有效肽模拟表位的T细胞受体的抗原发现

权利要求书

1.一种肽，所述肽包含SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:257或SEQ ID NO:262中的任一者的氨基酸序列。

2.一种肽，所述肽由SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:257或SEQ ID NO:262中的任一者的氨基酸序列组成。

3.一种多核苷酸，所述多核苷酸编码如权利要求1或权利要求2所述的肽。

4.一种药物组合物，所述药物组合物包含如权利要求1-3中任一项所述的多核苷酸、肽或肽的组合；以及药学上可接受的赋形剂。

5.如权利要求4所述的药物组合物，所述药物组合物包含疫苗佐剂。

6.如权利要求4或权利要求5所述的药物组合物，其中所述肽或肽的组合与MHC抗原复合。

7.一种抗原呈递细胞，所述抗原呈递细胞包含如权利要求1或权利要求2所述的肽或肽的组合。

8.一种诱导对癌细胞抗原的免疫应答的方法，所述方法包括：

向个体施用有效剂量的权利要求4-6中任一项的药物制剂或权利要求7的抗原呈递细胞。

9.一种T细胞受体或抗体，所述T细胞受体或抗体包含SEQ ID NO:258、259或260中的任一者的CDR序列。

10.如权利要求9所述的T细胞受体，所述T细胞受体包含与SEQ ID NO:259或SEQ IDNO:260的序列配对的SEQ ID NO:258的氨基酸序列。

11.一种免疫细胞，所述免疫细胞被工程化为包含权利要求9或权利要求10的T细胞受体或抗体。

12.一种确定个体对抗原的应答性的方法，所述方法包括：

针对响应于根据SEQ ID NO:1-257或262中任一者的肽的T细胞刺激对包含来自所述个体的T细胞的样品进行分析；其中响应于所述肽的T细胞刺激指示所述个体能够根据如权利要求8所述的方法进行治疗。

13.一种通过以下方法鉴定的TCR的肽抗原，所述方法包括：

使目标TCR与宿主细胞群体接触，所述宿主细胞群体在细胞表面上表达编码单链多肽的至少10⁸种不同多核苷酸的多重文库，所述单链多肽包含：

MHC蛋白的结合结构域；以及

肽配体；

选择表达与所述目标TCR结合的单链多肽的宿主细胞；

重复所述选择步骤至少三轮；

对最终选择的群体中存在的多核苷酸进行DNA测序，以确定所述肽配体的每个位置的可能的氨基酸的数据集；

将所述数据集输入计算机可读介质以生成搜索算法；

用所述搜索算法搜索序列数据库，以鉴定与所述T细胞受体结合的一组肽。

14.如权利要求13所述的肽抗原，其中所述肽配体的长度是8至20个氨基酸。

15.如权利要求14所述的肽抗原，其中所述文库含有在多个位置处随机化的肽配体。

16.如权利要求15所述的肽抗原，其中所述肽配体文库在MHC锚定位置具有有限的多样性。

17.如权利要求13-16中任一项所述的肽抗原，其中所述MHC结合结构域包含I类MHC蛋白的α1和α2结构域以及β2微球蛋白。

18.如权利要求5所述的肽抗原，其中所述I类MHC是HLA-A2的等位基因。