[发明专利]cfRNA的液体活检

说明书

cfRNA用于鉴定和定量疾病相关基因的表达水平，并且进一步允许对此类基因的变化进行非侵入性监测。此外，疾病相关基因的定量分析将使得能够预测治疗反应，其中该治疗依赖于该疾病相关基因的存在。

本申请要求2017年3月17日提交的序列号为62/473,273、2017年6月20日提交的序列号为62/522,509和2017年12月1日提交的序列号为62/593,534的我们共同未决的美国临时申请的优先权。

技术领域

本发明的领域是对循环游离RNA(cfRNA)进行检测和定量的系统和方法，尤其是当涉及来自肿瘤细胞的cfRNA时。

背景技术

背景描述包括可用于理解本发明的信息。并不承认本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的发明相关，也不承认具体地或隐含地引用的任何出版物是现有技术。

本文中的所有出版物和专利申请均通过援引并入，其程度如同每个单独的出版物或专利申请被具体地和单独地指明通过援引并入一样。如果并入的参考文献中的术语的定义或用法与本文提供的该术语的定义不一致或相反，则适用本文提供的该术语的定义，而不适用该术语在该参考文献中的定义。

在过去的十年中，癌症疗法已经从基于化疗的一般疗法与手术和放疗相结合，转变为考虑到患者中肿瘤的遗传变异性的更具个性化的治疗。因此，治疗计划现在通常需要鉴定允许进行更有靶向性的治疗的分子标志物。在许多情况下，通过分析来自癌组织活检的各种核酸分子获得此类信息。然而，组织活检通常限于初次诊断或手术，而随后的活检往往会给患者带来显著的风险和不适。此外，肿瘤组织活检在取样偏差和在治疗过程中监测核酸分子作为患者中的肿瘤标志物的能力有限方面往往是有问题的。

虽然已知来自肿瘤和非肿瘤细胞的核酸分子可以从血液中获得(参见例如ClinCanc.Res.[临床癌症研究](1999)第5卷，1961-1965；Canc Res.[癌症研究](1977)37:646-650)，但是不清楚这些核酸是否与任何载体或其他结构相关联或结合。实际上，最近发现RNA可以源自各种来源，包括循环肿瘤细胞(参见例如WO 2017/180499)、外来体(参见例如WO 2015/082372)和载体蛋白(参见例如WO 2010/079118，或Proc.Natl.Acad.Sci.[美国国家科学院院刊](1985)82，3455)。

遗憾的是，并且可能由于RNA与各种载体或其他结构的不同位置/关联，循环核酸的准确定量通常是有问题的。例如，使用无细胞的RNA在神经母细胞瘤中进行的疾病状态检测经证实不是全细胞RNA分析的可靠替代方案(参见例如Pediatr Blood Cancer.[儿科血液与癌症]2010年7月1日；54(7):897-903)。类似地，尽管能够从血液中的突变或不正确融合的基因检测相对少量的cfRNA，而不管它们的特定关联如何，如WO 2016/077709中所述，但是此类RNA的检出量显著变化。此外，尚不清楚任何检测到的量是细胞内生理现实的反映还是所讨论的特定RNA的稳定性的函数。例如，‘709公布中的数据表明编码PD-1/PD-L1的cfRNA的量通常是高度可变的并且可取决于样品、患者状况和其他因素。因此，迄今为止还没有报道使用PD-L1 cfRNA表达水平作为预后因子(prognostic agent)和/或指标来确定癌症患者对抗PD-1/PD-L1疗法的适合性。

因此，尽管本领域已知许多对来自生物流体的核酸进行分析的方法，但它们全部或几乎全部都存在各种缺点。因此，仍然需要用于cfRNA分析的改进的系统和方法。

发明内容

本发明的主题涉及使用一种或多种cfRNA的cfRNA水平来预测治疗反应、跟踪治疗和/或诊断癌症的各种组合物和方法。在特别优选的方面，本发明的诸位发明人发现可以确定某些cfRNA，尤其是PD-L1和HER2的表达阈值水平，这些阈值水平预测某些癌症的治疗反应。