[发明专利]检测蛋白质DNA结合位点的方法

说明书

本发明提出了检测蛋白质DNA结合位点的方法。包括：将DNA片段库进行测序；去除测序后的DNA片段库中的新生链；以DNA片段库的DNA片段为模板，将不带有荧光标记的dNTP依次聚合在测序接头的3’端，将带有荧光标记的dNTP聚合在聚合产物3’端的最后一位；记录聚合反应后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度；将目标蛋白与所述聚合反应后的DNA片段库进行杂交，所述目标蛋白具有荧光修饰；记录杂交后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度；基于杂交后的DNA片段库中的荧光点与聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光强度或荧光种类的差异，确定目标蛋白质DNA结合位点。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体地，本发明涉及检测蛋白质DNA结合位点的方法。

背景技术

生物体内众多生物学过程诸如染色体组装，DNA复制，转录，重组，修复，RNA翻译等都会涉及到DNA与蛋白质的相互作用。而这些蛋白质往往都是通过特异的序列与DNA相互作用的。因此研究清楚蛋白质的与DNA的结合位点对于理解生物的生长、发育和调控具有重要意义，能为基础科学研究提供便利，为医疗服务提供参考。

现有的研究蛋白质与DNA相互作用较为经典的方法有EMSA(凝胶阻滞迁移实验)，即在体外用放射性同位素标记DNA，该DNA与蛋白质结合后进行非变性聚丙烯凝胶电泳，结合有蛋白质的DNA迁移速度会比没有结合蛋白质的DNA慢，从而鉴定与蛋白质结合的DNA(Hellman L M,Fried M G.Electrophoretic mobility shift assay(EMSA)fordetecting protein–nucleic acid interactions[J].Nature protocols,2007,2(8):1849.)。

另外一个较为经典的方法是DNase I footprinting(DNase I足迹法)，即利用DNase I分别对结合和未结合蛋白质的DNA进行酶切，结合有蛋白质的DNA会由于位阻效应而在结合位点附近不被DNaseI酶切，没有结合蛋白质的DNA则会被DNaseI完全降解，DNaseI处理后经电泳检测获得较为精确的与蛋白质结合的DNA信息(Brenowitz,M.,Senear,D.F.,Shea,M.A.,and Ackers,G.K.1986b.Quantitative DNase I footprint titration:Amethod for studying protein-DNA interactions.Meth.Enzymol.130:132-181.)。

然而，蛋白质DNA结合位点的检测方法仍需要进一步开发和改进。

发明内容

本申请是基于发明人对以下事实和问题的发现和认识作出的：

现有技术中，EMSA法可以鉴定蛋白质结合的DNA片段但是不能确定具体的结合位点，DNase I foorprinting是在已知能结合的片段中确定大致的DNA结合位点，其检测的位点由于空间位阻效应会比实际的结合位点大8-10个碱基(Carey M F,Peterson C L,SmaleS T.DNase I footprinting[J].Cold Spring Harbor Protocols,2013,2013(5):pdb.prot074328.)。且目前这两种方法都不是高通量的。

本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。为此，本发明提出了一种能够高通量检测蛋白质的DNA结合位点的方法。