[发明专利]检测蛋白质DNA结合位点的方法

权利要求书

1.一种检测蛋白质DNA结合位点的方法，其特征在于，包括：

将DNA片段库进行测序，以便获得DNA片段库的DNA序列，所述DNA片段库的DNA片段在测序接头互补位后的序列是随机的，所述DNA片段库中的DNA片段预先与所述测序接头互补配对结合；

去除测序后的DNA片段库中的新生链；

以DNA片段库的DNA片段为模板，将所述测序接头与所述模板进行第二互补配对结合，将不带有荧光标记的dNTP依次聚合在所述测序接头的3’端，将带有荧光标记的dNTP聚合在聚合产物3’端的最后一位；

记录聚合反应后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度；

将目标蛋白与所述聚合反应后的DNA片段库进行杂交，所述目标蛋白具有荧光修饰；

记录杂交后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度；

基于杂交后的DNA片段库中的荧光点与聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光强度或荧光种类的差异，确定目标蛋白质DNA结合位点。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述带有荧光修饰的dNTP的荧光与带有荧光修饰的目标蛋白的荧光相同，所述杂交后的DNA片段库中的荧光点的荧光强度强于聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光强度，是杂交后的DNA片段库中的荧光点为目标蛋白质DNA结合位点的指示；

任选地，所述杂交后的DNA片段库中的荧光点的荧光强度是所述聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光强度的2倍或1.5倍，是杂交后的DNA片段库中的荧光点为目标蛋白质DNA结合位点的指示；

任选地，所述带有荧光修饰的dNTP的荧光与带有荧光修饰的目标蛋白的荧光不同，所述杂交后的DNA片段库中的荧光点的荧光不同于聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光，是杂交后的DNA片段库中的荧光点为目标蛋白质DNA结合位点的指示。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，进一步基于所确定的目标蛋白质DNA结合位点，确定所述目标蛋白质DNA结合位点的DNA序列。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述DNA片段库是以装载在芯片上的DNB形式存在的；

任选地，所述DNA片段库具有18亿个DNA片段。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序和/或聚合反应是在BGISEQ-500测序平台上进行的。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，通过甲酰胺去除测序后的DNA片段库中的新生链。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将不带有荧光标记的dNTP依次聚合在所述测序接头的3’端是通过35～45个循环的DNA聚合反应实现的，优选地，通过40个循环的DNA聚合反应实现。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将带有荧光标记的dNTP聚合在聚合产物3’端的最后一位是通过一个循环的DNA聚合反应实现的。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目标蛋白的荧光修饰是通过荧光二抗修饰、荧光蛋白融合表达或体外荧光标记实现的。

10.一种检测蛋白质DNA结合位点的方法，其特征在于，包括:

将DNA片段以DNA纳米球的形式装载在芯片上，以便获得DNA片段库，所述DNA片段库的DNA片段在测序接头互补位后的序列是随机的，所述DNA片段库中的DNA片段预先与所述测序接头互补配对结合；

在BGISEQ-500测序平台上，将所述DNA片段库进行测序，以便获得DNA片段库的DNA序列；

利用甲酰胺去除第一测序后的DNA片段库中的新生链；

以DNA片段库的DNA片段为模板，将所述测序接头与所述模板进行第二互补配对结合，将不带有荧光标记的dNTP依次聚合在所述测序接头的3’端，聚合反应的循环次数为35～45，优选40；

将带有荧光标记的dNTP聚合在聚合产物3’端的最后一位，聚合反应的循环次数为1；

记录聚合反应后的DNA片段库中的荧光点的位置和所述荧光点的荧光强度；

将目标蛋白与所述聚合反应后的DNA片段库进行杂交，所述目标蛋白具有荧光修饰；

记录杂交后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度；

基于杂交后的DNA片段库中的荧光点与聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光种类或荧光强度的差异，确定目标蛋白质DNA结合位点；

其中，当所述带有荧光修饰的dNTP的荧光与带有荧光修饰的目标蛋白的荧光相同，所述杂交后的DNA片段库中的荧光点的荧光强度强于聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光强度，是杂交后的DNA片段库中的荧光点为目标蛋白质DNA结合位点的指示；

当所述带有荧光修饰的dNTP的荧光与带有荧光修饰的目标蛋白的荧光不同，所述杂交后的DNA片段库中的荧光点的荧光不同于聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光，是杂交后的DNA片段库中的荧光点为目标蛋白质DNA结合位点的指示；

进一步基于所确定的目标蛋白质DNA结合位点，确定所述目标蛋白质DNA结合位点的DNA序列。