[发明专利]一种适于植物染色体rDNA物理定位的探针组合和方法

说明书

本发明公开了一种适于植物染色体rDNA物理定位的探针组合和方法；涉及分子细胞遗传学技术领域。该探针组合包括SEQ ID NO.1‑4的探针，分别是5S rDNA探针、5.8S rDNA探针、18S rDNA探针和25S rDNA探针；采用该探针组合及方法进行植物染色体原位杂交，可以捕获到较高分辨率的染色体及荧光原位杂交信号，适用于多种植物的染色体原位杂交；且该探针组合为寡核苷酸探针，具有制作成本低、使用方便、操作简单等特点。

技术领域

本发明涉及分子细胞遗传学技术领域，具体而言，涉及一种适于植物染色体rDNA物理定位的探针组合和方法。

背景技术

荧光原位杂交技术(Fluorescence in situ hybridization,FISH)是把用生物素等荧光标记物质标记的DNA片段作为探针(probe)，与染色体DNA进行分子杂交，在荧光显微镜下直接检测与探针互补的DNA片段的存在部位。

通过荧光原位杂交技术可以将rDNA(Ribosomal DNA，核糖体DNA)在染色体上进行物理定位。目前，rDNA已在重要的模式作物和经济作物的基因组中进行了广泛的物理定位，为这些物种的染色体识别，基因组结构分析，物理图谱构建，以及物种亲缘关系的研究提供了直接的信息。

常用的rDNA探针的制备方法：通过提取质粒获取rDNA的双链DNA序列，然后通过缺刻平移法标记探针，探针标记结束后应用凝胶电泳检测探针大小，合适大小的探针才可用于荧光原位杂交。地高辛和生物素标记的探针由于稳定性相对较高，因而在研究工作中得到广泛应用。

该探针的缺点：探针标记对DNA质量要求较高，从获取高质量的DNA到探针标记及大小检测需要花费较高的试剂费用；而且需要保存菌液，摇菌扩繁大肠杆菌，过程比较繁琐，耗费时间和人力；缺刻平移法标记的探针为双链且长度不一致，杂交效率较低。

鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的目的在于提供一种适于植物染色体rDNA物理定位的探针组合，采用该探针组合进行植物染色体原位杂交，可以产生较清晰的荧光信号，适用于多种植物的染色体原位杂交；且该探针组合为寡核苷酸探针，具有制作成本低、使用方便、操作简单等特点。

本发明的另一目的在于提供一种用于植物染色体原位杂交的方法，采用该方法进行植物染色体原位杂交，可以产生清晰的荧光信号，便于对植物染色体的rDNA进行物理定位；该方法使用的rDNA探针为寡核苷酸探针，使用方便，操作简单。

本发明是这样实现的：

一方面，本发明提供了一种适于植物染色体rDNA物理定位的探针组合，其包括5SrDNA探针和/或45S rDNA探针；

上述5S rDNA探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；

上述45S rDNA探针由5.8S rDNA探针、18S rDNA探针和25S rDNA探针组成，上述5.8S rDNA探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，上述18S rDNA探针的核苷酸序列如SEQID NO.3所示，上述25S rDNA探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。

通过本发明的发明人的科学合理的设计，本发明提供的探针组合包括的SEQ IDNO.1的5S rDNA探针，其根据拟南芥5S rDNA(GenBank AJ307346.2)转录区5'端的第1-59位碱基设计而成，得到长度59nt的如SEQ ID NO.1所示的5S rDNA探针。