[发明专利]痴呆相关基因的捕获探针组、试剂盒、文库构建方法和用途

说明书

本发明提供了一种痴呆相关基因的捕获探针组、试剂盒、文库构建方法和用途，涉及基因检测的技术领域，该捕获探针组包含了95个基因的编码区域，能针对特定的编码区域进行捕获，并进行高深度测序，使测序目标基因精准，测序成本降低。使用上述捕获探针组进行文库构建能对目标基因进行有效富集，降低样本量的要求，同时也能更好地控制测序成本。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，尤其是涉及一种痴呆相关基因的捕获探针组、试剂盒、文库构建方法和用途。

背景技术

痴呆是指由于神经退行性变、脑血管病变、感染、外伤、肿瘤、营养代谢障碍等多种原因引起的，以认知功能缺损为主要临床表现的一组临床综合征，多见于老年人群。除表现有定向、记忆、学习、语言理解、思维等多种认知功能损害外，多数病人还表现有行为异常，并且终将导致其工作及社会生活功能下降或丧失。痴呆的患病率高，致残、致死率高，为增龄性疾病，已成为西方发达国家老年人群中仅次于癌症、心脏病和脑卒中的第四位死因，加之其病程长，医疗和照料负担重，直接和间接医疗费用均很高(2010年全球用于痴呆的总花费达6040亿美元)，已成为老龄化社会面临的重要卫生服务问题和社会经济负担问题。我国每年新发痴呆病例约为180万；根据2010年第六次全国人口普查结果，全国登记总人口为13.4亿，其中65岁及以上人口占13.26％，根据65岁以上人群痴呆患病率(4.8％)，我国现有痴呆患者至少已达850万。

测序技术可以帮助我们对痴呆相关基因有更全面的了解，而现有测序技术中还未出现对痴呆相关基因的目标区域测序，因此如需检测痴呆相关基因需要对待测样品进行全基因组测序或者外显子测序，由于痴呆相关的基因目前已报到的已有200多个，使用常规的Sanger测序或者全外显子测序的成本均较高，不利于高通量的对痴呆相关基因进行测序分析。

有鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的第一目的在于提供一种痴呆相关基因的捕获探针组，缓解了现有技术中缺少一种能够有效捕获痴呆相关基因的技术手段的问题。

本发明的第二目的在于提供一种用于文库构建的试剂盒，缓解了现有技术中缺少一种能够有效捕获痴呆相关基因的产品的问题。

本发明的第三目的在于提供一种文库构建方法，实现对痴呆相关基因进行有效富集，降低后续检测成本的目的。

本发明的第四目的在于提供一种上述捕获探针组、试剂盒和文库构建方法在痴呆相关基因筛查中的用途，以达到更深入的对痴呆相关基因进行研究的目的。

为解决上述技术问题，本发明特采用如下技术方案：

一种痴呆相关基因的捕获探针组，所述捕获探针组捕获的基因和所述基因的染色体坐标信息如下表所示：

所述捕获探针组的设计按照如下规则：

(a)探针长度为90-150bp；

(b)探针设计合并相邻区域；

(c)探针设计区间为目标区间向两翼扩展20bp；

(d)探针参考为基因组正义链；

(e)探针两翼的共有序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示；

(f)探针设计中通过比对全基因组信息确保探针特异性；

(g)探针GC含量以40％-60％为标准，GC含量变化幅度偏离标准含量每增加10％，探针在该区域探针数量增加50％。

(h)在基因组非捕获区域有近似序列的探针，每有一个近似序列，则该区域探针数量增加100％；所述近似序列为与探针序列的同源性至少为95％的序列。