[发明专利]一种身份关系鉴定方法、装置、设备及存储介质有效
| 申请号: | 201810490417.9 | 申请日: | 2018-05-21 |
| 公开(公告)号: | CN108694304B | 公开(公告)日: | 2020-03-24 |
| 发明(设计)人: | 刘晶星;陈白雪;郭周萍;严慧;赵薇薇;于世辉 | 申请(专利权)人: | 广州金域医学检验中心有限公司;广州金域医学检验集团股份有限公司 |
| 主分类号: | G16B25/00 | 分类号: | G16B25/00 |
| 代理公司: | 广州华进联合专利商标代理有限公司 44224 | 代理人: | 林青中 |
| 地址: | 510005 广东省广州市开发*** | 国省代码: | 广东;44 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 身份 关系 鉴定 方法 装置 设备 存储 介质 | ||
1.一种身份关系鉴定方法,其特征在于,包括如下步骤:
步骤S1:获取对测序结果进行比对分析得到的样本突变信息;
步骤S2:在所述样本突变信息的突变位点中对多个目的SNP位点逐一进行检索,得到包含各目的SNP位点的基因型的突变及测序信息;
在所述步骤S2中,对于在所述样本突变信息的突变位点中能够检索到的目的SNP,则说明该目的SNP位点的基因型为与参考基因型不一致的纯合型或杂合型,获取的突变及测序信息包括该目的SNP位点的基因型、等位基因人群频率、突变质量以及测序覆盖度;对于未能在所述样本突变信息的突变位点中检索到的目的SNP,则说明该目的SNP位点的基因型为与参考基因型一致的纯合型,获取的突变及测序信息包括该目的SNP位点的基因型、等位基因人群频率以及测序覆盖度;
所述多个目的SNP位点选出自如下984个SNP位点:
步骤S3:从多个目的SNP位点中选出满足预设要求的目的SNP位点及其突变及测序信息,得到标识信息;
步骤S4:比较不同样本的标识信息中对应的目的SNP位点的基因型,对不同样本的身份关系进行鉴定;
步骤S41:判断是否是对不同样本进行个体识别,若是,则比较不同样本的所有对应的目的SNP位点的基因型,根据比较结果分析该不同样本是否属于同一个体;
步骤S42:判断是否是对不同样本进行亲子关系鉴定,若是,则根据目的SNP位点的基因型及相应等位基因人群频率计算每个匹配的目的SNP位点的亲权指数,并由各个匹配的目的SNP位点的亲权指数确定综合亲权指数,根据该综合亲权指数分析该不同样本是否属于亲子关系,每个匹配的目的SNP位点的亲权指数PI按照以下公式计算:pi为匹配的等位基因频率,PI取所有能够匹配的情况之和,综合亲权指数CPI为所有PI值的乘积;所述匹配的目的SNP位点是指不同样本至少有一个等位基因相同的目的SNP位点;
步骤S43:判断是否是对不同样本进行其他非亲子关系的亲属关系鉴定,若是,则根据不匹配的目的SNP位点的个数分析该其他非亲子关系的亲属关系;所述不匹配的目的SNP位点是指不同样本的两个等位基因都不相同的目的SNP位点。
2.如权利要求1所述的身份关系鉴定方法,其特征在于,对于个体识别,是从984个SNP位点中选出至少50个作为目的SNP位点;
对于亲子关系鉴定,是从984个SNP位点中选出至少100个作为目的SNP位点;
对于除亲子关系鉴定之外的其他亲属关系鉴定,是从984个SNP位点中选出至少480个作为目的SNP位点以进行爷孙或叔侄这一级的亲属关系鉴定,或从984个SNP位点中选出至少720个作为目的SNP位点以进行表亲这一级的亲属关系鉴定,或从984个SNP位点中选出至少240个作为目的SNP位点以进行兄弟姐妹这一级的亲属关系鉴定。
3.如权利要求1所述的身份关系鉴定方法,其特征在于,在所述步骤S3中,满足预设要求是指测序覆盖度满足不小于30个read覆盖,突变质量满足GATK的默认质控标准。
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