[发明专利]一种身份关系鉴定方法、装置、设备及存储介质有效

专利信息
申请号: 201810490417.9 申请日: 2018-05-21
公开(公告)号: CN108694304B 公开(公告)日: 2020-03-24
发明(设计)人: 刘晶星;陈白雪;郭周萍;严慧;赵薇薇;于世辉 申请(专利权)人: 广州金域医学检验中心有限公司;广州金域医学检验集团股份有限公司
主分类号: G16B25/00 分类号: G16B25/00
代理公司: 广州华进联合专利商标代理有限公司 44224 代理人: 林青中
地址: 510005 广东省广州市开发*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: 一种 身份 关系 鉴定 方法 装置 设备 存储 介质
【权利要求书】:

1.一种身份关系鉴定方法,其特征在于,包括如下步骤:

步骤S1:获取对测序结果进行比对分析得到的样本突变信息;

步骤S2:在所述样本突变信息的突变位点中对多个目的SNP位点逐一进行检索,得到包含各目的SNP位点的基因型的突变及测序信息;

在所述步骤S2中,对于在所述样本突变信息的突变位点中能够检索到的目的SNP,则说明该目的SNP位点的基因型为与参考基因型不一致的纯合型或杂合型,获取的突变及测序信息包括该目的SNP位点的基因型、等位基因人群频率、突变质量以及测序覆盖度;对于未能在所述样本突变信息的突变位点中检索到的目的SNP,则说明该目的SNP位点的基因型为与参考基因型一致的纯合型,获取的突变及测序信息包括该目的SNP位点的基因型、等位基因人群频率以及测序覆盖度;

所述多个目的SNP位点选出自如下984个SNP位点:

步骤S3:从多个目的SNP位点中选出满足预设要求的目的SNP位点及其突变及测序信息,得到标识信息;

步骤S4:比较不同样本的标识信息中对应的目的SNP位点的基因型,对不同样本的身份关系进行鉴定;

步骤S41:判断是否是对不同样本进行个体识别,若是,则比较不同样本的所有对应的目的SNP位点的基因型,根据比较结果分析该不同样本是否属于同一个体;

步骤S42:判断是否是对不同样本进行亲子关系鉴定,若是,则根据目的SNP位点的基因型及相应等位基因人群频率计算每个匹配的目的SNP位点的亲权指数,并由各个匹配的目的SNP位点的亲权指数确定综合亲权指数,根据该综合亲权指数分析该不同样本是否属于亲子关系,每个匹配的目的SNP位点的亲权指数PI按照以下公式计算:pi为匹配的等位基因频率,PI取所有能够匹配的情况之和,综合亲权指数CPI为所有PI值的乘积;所述匹配的目的SNP位点是指不同样本至少有一个等位基因相同的目的SNP位点;

步骤S43:判断是否是对不同样本进行其他非亲子关系的亲属关系鉴定,若是,则根据不匹配的目的SNP位点的个数分析该其他非亲子关系的亲属关系;所述不匹配的目的SNP位点是指不同样本的两个等位基因都不相同的目的SNP位点。

2.如权利要求1所述的身份关系鉴定方法,其特征在于,对于个体识别,是从984个SNP位点中选出至少50个作为目的SNP位点;

对于亲子关系鉴定,是从984个SNP位点中选出至少100个作为目的SNP位点;

对于除亲子关系鉴定之外的其他亲属关系鉴定,是从984个SNP位点中选出至少480个作为目的SNP位点以进行爷孙或叔侄这一级的亲属关系鉴定,或从984个SNP位点中选出至少720个作为目的SNP位点以进行表亲这一级的亲属关系鉴定,或从984个SNP位点中选出至少240个作为目的SNP位点以进行兄弟姐妹这一级的亲属关系鉴定。

3.如权利要求1所述的身份关系鉴定方法,其特征在于,在所述步骤S3中,满足预设要求是指测序覆盖度满足不小于30个read覆盖,突变质量满足GATK的默认质控标准。

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