[发明专利]用于基因组组装及单体型定相的方法

权利要求书

1.一种方法，所述方法包括：

使样本与交联剂接触，所述样本包含与至少一种核酸结合蛋白复合的核酸分子；

将所述核酸切割成多个片段，所述多个片段包含至少第一片段和第二片段；

在多个接点处连接包含所述第一片段和所述第二片段的所述多个片段；

在所述多个接点的每一侧获得至少一些序列，以产生包含至少第一读对的多个读对；

将包含至少所述第一读对的所述多个读对定位至重叠群组，从而产生读段定位数据；

利用所述读段定位数据排列所述重叠群；以及

确定经过重叠群组的路径，所述路径表示相对于彼此在基因组中的次序和/或定向。

2.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括：

通过重叠群组装分析因所述接点的每一侧上的至少一些序列定位至共同的重叠群而排除所述第一读对；并且，利用第二读对确定经过重叠群的路径，所述路径表示次序和/或对基因组的定向。

3.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括：

在使所述样本与所述交联剂接触之前，使所述样本与抗体接触。

4.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括：

在使所述样本与所述交联剂接触之后，使所述样本与抗体接触。

5.根据权利要求1所述的方法，其中将所述核酸切割成至少第一片段和第二片段包括使用至少一种限制性内切酶切割所述核酸。

6.根据权利要求1所述的方法，其中将所述核酸切割成至少第一片段和第二片段包括剪切所述核酸。

7.根据权利要求1所述的方法，其中将所述核酸切割成至少第一片段和第二片段包括超声处理所述核酸。

8.根据权利要求1所述的方法，其中使样本与交联剂接触包括应用紫外线。

9.根据权利要求1所述的方法，其中使样本与交联剂接触包括使所述样本与化学固定剂接触。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述化学固定剂包括甲醛。

11.根据权利要求9所述的方法，其中所述化学固定剂包括补骨脂素。

12.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一种核酸结合蛋白包括天然染色质组分。

13.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一种核酸结合蛋白包括外源供应的组蛋白。

14.根据权利要求1所述的方法，其中连接包括使用至少一些生物素标记的核苷酸补平粘性末端并连接平末端。

15.根据权利要求1所述的方法，其中确定所述经过重叠群组的路径，以使每个重叠群正好被访问一次，所述路径表示次序和/或对基因组的定向。

16.根据权利要求1所述的方法，其中确定经过所述重叠群组的路径包括减少表示所述基因组混杂区域的重叠群的权重，所述路径表示次序和/或对基因组的定向。

17.根据权利要求1所述的方法，其中通过鸟枪测序法产生所述重叠群组。

18.根据权利要求1所述的方法，其中确定经过所述重叠群组的路径包括单体型定相所述重叠群组，所述路径表示次序和/或对基因组的定向。

19.根据权利要求18所述的方法，其中单体型定相所述重叠群组包括鉴别多个读对序列中的一个或多个杂合位点，其中通过鉴别含有成对的杂合位点的读对，确定用于等位基因变异体的定相数据。

20.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括通过分析排除定位至共同的重叠群的读对序列，以利用定位至不同重叠群的读对确定经过所述重叠群组的路径，所述路径表示次序和/或对基因组的定向。