[发明专利]一种CLTC-TFEB融合基因及其检测引物和应用

说明书

本发明公开了一种CLTC‑TFEB融合基因及其检测引物和应用。一种CLTC‑TFEB融合基因，为CLTC的17号外显子与TFEB基因5号外显子之间发生基因融合而成。一种检测CLTC‑TFEB易位性肿瘤的PCR引物，由SEQ ID NO.1所示的CLTC‑E17‑F和SEQ ID NO.2所示的TFEB‑E5‑R组成。本发明所述的CLTC‑TFEB融合基因作为检测靶点在制备CLTC‑TFEB易位性肿瘤诊断试剂中的应用。本发明融合基因及其引物扩大了原引物组合的检测范围，应用于临床，可提高诊断该类肿瘤的检出率和准确率。

技术领域

本发明属于医学检验领域，涉及一种CLTC-TFEB融合基因及其检测引物和应用。

背景技术

2016年WHO对2004年肾细胞癌病理组织学分类进行了修改，新增了TFEB基因易位相关性肾癌(TFEB易位性肾癌)。TFEB基因位于6p21.1，是TFEB易位性肾癌的唯一驱动基因，其致病机理清晰明确：这类肿瘤均涉及位于6p21.1的TFEB基因同其它染色体易位及其所致形成融合基因，通过启动子变换从而高表达TFEB融合蛋白，而TFEB作为一个转录因子，通过与特异的DNA结构相结合，转录调控体内多种基因表达最终致病。目前WHO分类中仅纳入1种单一易位形式，即MALAT1-TFEB。然而近年来散在个案报道指出，TFEB易位性肾癌存在不同的易位伴侣和融合基因，包括KHDRBS2-TFEB,COL21A1-TFEB,CADM2-TFEB等。

TFEB易位性肿瘤是一罕见类型肿瘤，虽然其总体发病率很低，但该疾病以发病年龄轻为突出特征，因此造成极其沉重的家庭及社会负担。且研究表明，该肿瘤与肾脏常见肿瘤(透明细胞性肾细胞癌)无论从发病机制还是激活的信号通路上均存在显著差别，因而临床治疗指南亦对其治疗方案有所区分，TFEB易位性肿瘤的治疗靶点亟待进一步研究。因此，根据基因型来精确诊断此类肿瘤显得十分重要。

目前常用的诊断TFEB易位性肿瘤的检测方法主要包括免疫组织化学和荧光原位杂交。免疫组织化学检测细胞核TFEB融合蛋白直观、快捷、价格低，但其缺点是该方法容易受到多种因素影响，如组织固定时间、组织修复方式、抗体克隆号以及人为的判读因素等等，使得结果可能出现假阳性或假阴性。染色体荧光原位杂交(FISH)始于传统的细胞遗传学和DNA技术的结合，快速灵敏、特异性好，可以检测隐匿或微小的染色体畸变以及复杂核型；还可以使用多种荧光标记，显示DNA片段及基因之间的相对位置与方向，空间定位精确。但这两种检测方法只能提示存在TFEB蛋白的高表达或TFEB基因的易位，均不能明确肿瘤中发生的具体易位改变。精确检测TFEB易位性肿瘤的易位伴侣和融合基因位点，不仅是患者预后预测的依据，也是未来靶向治疗的指导，因此，明确TFEB易位性肿瘤的基因易位位点，具有重要的临床意义。

目前高通量测序是唯一可以明确未知易位位点的检测手段，然而高通量测序费用高昂，检测周期长，检测平台稀缺，对样品质量要求高，不利于普及推广，对于大多数患者来说也不是首选检测手段。依赖以往经验，针对已知的融合位点设计特异性的PCR引物组合，对肿瘤组织中提取出的RNA逆转录之后进行PCR扩增并测序，检测融合基因具体易位位点，是最准确、便捷、经济的方法。因此，发现新的致病融合位点，进而设计PCR引物将有利于TFEB易位性肿瘤检测准确度的进一步提高。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术的上述不足，提供一种CLTC-TFEB融合基因。

本发明的另一目的是提供该CLTC-TFEB融合基因的检测引物。

本发明的又一目的是提供CLTC-TFEB融合基因及其引物的应用。

本发明的目的可通过以下技术方案实现：