[发明专利]塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016的全基因组序列及其扩增引物

说明书

本发明公开了塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016的全基因组序列及其扩增引物。本发明先用一步RT‑PCR方法扩增出SVV/CH/NM/2016株的7个核苷酸序列片段(S1、S2、S3、S4、S5、S6和S7)，然后对7个核苷酸序列片段进行克隆测序，再将7个核苷酸序列片段的DNA序列依次进行拼接、编辑及校正，最终得到塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016的全基因组序列。本发明获得的塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016全基因组序列有利于塞尼卡谷病毒致病机制、分子流行病学、反向遗传学等的进一步研究，从而对塞尼卡谷病毒的诊断试剂开发、疫苗研制等奠定重要的数据支持和理论基础。

技术领域

本发明属于分子生物学领域中塞尼卡谷病毒的全基因组序列，特别是涉及塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016的全基因组序列及其扩增引物。

背景技术

塞尼卡谷病毒(Seneca Valley Virus，SVV)也被称为塞内卡山谷病毒(SVV)、猪塞内加谷病毒(SVV)、A型塞内卡病毒(Senecavirus A,SVA)。SVV为单股正链、不分节段、无囊膜的RNA病毒，是微RNA病毒科塞尼卡病毒属的唯一成员。SVV病毒粒子呈典型的二十面体对称，直径约27nm，分子量约为30KD。SVV基因组全长约7.2kb，包括两段保守非编码区5’-UTR、3’-UTR和一个开放阅读框(ORF)，在3’末端以一段poly(A)结尾。

塞尼卡谷病毒(SVV)是一种新出现的可感染仔猪及母猪并导致仔猪死亡的病毒。SVV感染可引起猪鼻镜及蹄冠处出现水疱、溃烂创面从而导致跛足甚至死亡。2002年，由美国基因治疗公司在马里兰州使用PER.C6细胞(转化的胎儿成视网膜细胞)培养腺病毒-5(Ad5)病毒载体时分离到塞尼卡谷病毒-001(SVV-001)。2014年11月至2015年4月巴西出现了几次SVV感染猪群并出现严重的临床发病及死亡症状，造成严重的经济损失。2015年9月，美国某种猪场猪群出现跛足、水泡且伴随初生仔猪死亡。2015年3月开始广东某些猪场相继发生水疱性疾病，从发病病料中首次分离得到SVV，将其全基因进行测序并上传GenBank(KT321458)。随后从2015年7月至2016年3月，在多次发生临床水泡的猪群中检测到SVV的存在，特别是还出现了几次SVV和猪流行性腹泻病毒(PEDV)混合感染的情况。华南农业大学从2015-2016年广东省规模化猪场疑似SVV感染病猪的内脏、水疱液及粪便中分离出4株SVV，分别命名为SVV/CH-01-2015、SVV/CH-02-2015、SVV/CH-03-2015和SVV/CH-04-2015。

由于塞尼卡谷病毒(SVV)感染的临床症状类似于口蹄疫(FMD)，使得感染猪的上市存在重大风险。对于SVV这种猪场的新病毒，全世界对其的认知都比较有限，其对于猪场的短期和长期影响难以确切估计，因此应将其列为重大疾病对待。SVV在巴西、美国和我国几乎同时发生，说明其从被发现至今或有进一步扩大和爆发的可能，作为新出现的病毒，其潜在影响是不可估量的，必须足够重视。

在中国内蒙古自治区呼和浩特市周边某猪场发现了SVV病毒，发明人从发病猪只病料分离得到的其中一株被命名为塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016，该病毒株已于2017年11月20日由位于中国北京市朝阳区北辰西路1号院3号中国科学院微生物研究所(邮政编码100101)的中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心保藏，保藏编号为CGMCC14885。塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016通过采集内蒙古自治区呼和浩特市周边某猪场发病猪只病料分离得到，可在人胚肾细胞(293FT细胞)、猪睾丸细胞(ST)和猪肾细胞(PK-15)上培养增殖。根据塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016在PK-15细胞出现CPE的情况，测定其病毒半数组织细胞感染量(TCID₅₀)大于等于10⁶.5TCID₅₀/mL。因此，塞尼卡谷病毒SVV/CH/NM/2016全基因组序列的获得对进一步研究其致病性、致病机制、诊断试剂开发和疫苗研制具有重要意义。

发明内容