[发明专利]预测患有肝细胞癌(HCC)或胆管癌(CCA)的受试者的生存结果的方法

说明书

本公开提供用于产生受肝癌影响的受试者的预测性生存结果的方法。该方法优选地包括提供受试者的组织样本，该组织样本为肝细胞癌或胆管癌中的一种；进行基于核酸和/或基于蛋白质组学的试验中的至少一种，以量化所提供的样本中的polo样激酶1(PLK1)和上皮细胞转化2(ECT2)的转录组和/或蛋白质表达；推导出所提供的样本上限定的区域内PLK1表达与ECT2表达的比率；和根据所推导出的比率产生受试者的预测性生存结果，当推导出的比率小于预定值时，认为受试者具有第一预测性生存结果，或当推导出的比率等于或大于预定值时，认为受试者具有第二预测性生存结果。第一预测性生存结果对应于生存分析中预定时间段内大于40％‑60％的总生存百分比，并且第二预测性生存结果对应于生存分析中预定时间段内40％‑60％或更低的总生存百分比。

技术领域

本公开涉及用于产生患有肝癌的受试者的预测性生存结果的方法。更具体地，预测性生存结果是基于两种基因或蛋白质的表达谱产生，即，从受试者获取的癌组织样本中表现出的polo样激酶1(PLK1)和上皮细胞转化2(ECT2)。本公开还提供了配备用于通过所公开的方法产生预测性生存结果的装置。

背景技术

原发性肝癌由两个主要的组织学上不同的亚型组成，即，肝细胞癌(HCC)和肝内胆管癌(CCA)，其诊断和治疗决策是唯一基于其基线临床特征。HCC或CCA的广泛的肿瘤异质性归因于存在复杂的、多因素病因，包括环境因素比如乙肝病毒(HBV)、丙肝病毒(HCV)、寄生虫感染和化学致癌物质。除了性别和种族/族群差异之外，其他风险因素包括不健康的生活方式，比如吸烟、过量饮酒和膳食因素³，其中肝癌主要影响男性，并且在亚洲人群中非常普遍(http://globocan.iarc.fr/)。HBV和HCV是HCC的主要致病因素，占全球肝癌的高达90％，而CCA在除了东南亚之外并不常见，比如泰国东北部，肝吸虫(O.viverrini)感染是地方病并且约60％的肝癌是CCA⁴。这些全球差异可归因于不同族群群体中存在不同病因因素。一种假设是各种致病因素可诱发不同分子机制独立地启动恶性转化，这导致肿瘤间基因组异质性。像许多其他实体癌症一样，每种类型的所提及的HCC和CCA的生物学和基因异质性式它们对治疗具有高度抗性，将它们列为全世界第二大致死性恶性肿瘤^1,2。所以，已经努力鉴定在驱动癌症发展中表达的潜在基因或蛋白质，使得患者可根据所鉴定的癌症驱动因子更好地分层，因此通过精准医学促进治疗。

例如，Chen等人⁴⁵发现ECT2表达与促进早期HCC复发中的Rho/ERK信号传导轴的激活密切相关。Sun等人⁴⁶也证明另一种基因PLK1在HCC样品中表达显著更高并且可为适用于诊断和治疗的HCC的独立预后因子。Takai等人⁴⁷在他们的出版物中得出类似的结论，支持了Sun等人46的发现。研究人员利用肝癌和PLK1或ECT2表达之间建立的关联，进一步想到几种诊断或预后手段。例如，美国专利公开第2011/03119280号公开了通过扫描包括PLK1的多个基因标记的用于HCC诊断的DNA生物芯片。大部分前述方法集中在癌症预后与候选基因或蛋白质的个体表达相关，而不是根据候选基因或蛋白质之间的相关性产生的深入信息，尽管基于多个表达候选基因的相互关系推导出诊断结果在与其他癌症类型有关的一些出版物中已经提出。Somma等人在他们的美国专利公开第2012/0197540号提供了通过测量癌症患者的组织样品中包括PLK1和ECT2的多个基因的表达水平来预测乳腺癌患者的死亡风险的方法；该方法随后采用每个测量的基因表达水平，通过预定算法计算指示受试者的死亡风险的预后评分。但是，已经公开了没有类似的方法或平台利用共表达基因或蛋白质的相互关系用于肝癌的预后或诊断。源自这种方法或平台的预后结果应适用于促进更高的治疗结果或分配医学资源。

发明内容

本公开涉及用于测量或量化从受试者获取的组织样本或样品中的PLK1和ECT2的表达的方法。尤其，本文所述的表达可指样本中转录组或蛋白质表达中的至少一种。优选地，组织样品是受HCC或CCA影响的。