[发明专利]用于将DLBCL分类的方法和组合物

说明书

本文提供了使用定量RT‑PCR分类DLBCL亚型的方法和组合物。

发明背景

弥漫性大B细胞性淋巴瘤(DLBCL)占所有非霍奇金淋巴瘤的30-35%。DLBCL是生物学上侵袭性的，但是可以在超过50%的病例中治愈。但是，多达1/3的患者产生抗性并且是治疗难治的。标准疗法是化学疗法CHOP或化学疗法+利妥昔单抗（Rituxamab）(R-CHOP)。DLBCL可以分类成3种不同的分子起源细胞(COO)亚型：生发中心B-细胞(GCB)，活化的B-细胞(ABC)，和原发性纵隔B细胞淋巴瘤(PMBCL)。通过淋巴瘤/白血病分子特征概况分析项目进行的回顾分析证实，当用R-CHOP治疗时，具有GCB亚型的DLBCL患者具有比具有ABC亚型的那些患者更好的预后，并且用于改善ABC亚型预后的药物候选物处于开发中。

用于区分GCB和ABC亚型的当前方法包括免疫组织化学(IHC)和基因表达特征概况分析。IHC和基因表达特征概况分析技术是费时的，并且就亚型分类而言具有另外的缺点。例如，基因表达技术使用冷冻的样品，且不使用在临床实验室中通常收集的甲醛固定的石蜡包埋组织(FFPET)样本。Nanostring Technologies (Seattle, WA)已经开发了一种基因表达特征概况分析特征，其使用FFPET样品将DLBCL亚型分类，但是Nanostring平台在市场上没有被广泛采用，并且它是昂贵的。IHC也使用FFPET样品，但是显示出在实验室之间的高测定变异性。

发明概况

本文提供了用于确定弥漫性大B细胞性淋巴瘤(DLBCL)亚型和治疗DLBCL患者的方法和组合物。本文提供了用于确定弥漫性大B细胞性淋巴瘤(DLBCL)亚型和治疗DLBCL患者的方法和组合物。在某些实施方案中，提供了鉴别具有DLBCL的个体的方法，所述方法包括:(a)从个体得到样品(DLBCL样品)；(b)通过qRT-PCR检测所述DLBCL样品中的GCB标志物ZNF318、PDK3、HMGN1、PTK2、SSBP2、BCL6和/或LRMP的表达；(c)通过qRT-PCR检测所述DLBCL样品和对照样品中的ABC标志物ARID3A、CCND2、FOXP1、KIAA0226L、JADE3、PIM2、TCF4和/或FAM46C的表达；和(d)通过qRT-PCR检测所述DLBCL样品中的对照基因(例如，内部对照)的表达；其中在所述个体的样品中GCB标志物表达与ABC标志物表达的比率高于GCB阈值指示所述个体对R-CHOP (利妥昔单抗或依托泊苷；环磷酰胺；多柔比星；长春新碱；和泼尼松龙)的施用的敏感性。一些实施方案，如果ABC标志物表达与GCB标志物表达的比率高于个体的样品中的ABC阈值，指示所述个体对替代施用的敏感性。在某些实施方案中，所述方法还包括，基于在(d)中检测到的对照基因的表达而调节关于步骤(b)和(c)中的基因检测到的表达水平。在某些实施方案中，将所述施用直接提供给患者。

在某些实施方案中，提供了为具有DLBCL的个体提供治疗的方法，所述方法包括：(a)从个体得到样品(DLBCL样品)；(b)通过qRT-PCR检测所述DLBCL样品中的GCB标志物ZNF318、PDK3、HMGN1、PTK2、SSBP2、BCL6和/或LRMP的表达；(c)通过qRT-PCR检测所述DLBCL样品和对照样品中的ABC标志物ARID3A、CCND2、FOXP1、KIAA0226L、JADE3、PIM2、TCF4和/或FAM46C的表达；(d)通过qRT-PCR检测所述DLBCL样品中的对照基因(例如，内部对照)的表达；和(e)为所述个体提供治疗。在某些实施方案中，如果GCB标志物表达与ABC标志物表达的比率高于GCB阈值，所述治疗包含R-CHOP (利妥昔单抗或依托泊苷；环磷酰胺；多柔比星；长春新碱；和泼尼松龙)的施用。在某些实施方案中，如果ABC标志物表达与GCB标志物表达的比率高于ABC阈值，所述治疗包含替代疗法。在某些实施方案中，所述方法还包括基于在(d)中检测到的对照基因的表达而调节关于步骤(b)和(c)中的基因检测到的表达水平。在某些实施方案中，将所述治疗直接提供给所述患者。