[发明专利]抗癌溶瘤病毒联合治疗和优良反应者选择平台

说明书

提供了用于向受试者施用肠道微生物群和溶瘤病毒的治疗方法。肠道微生物群起到使受试者的免疫系统预适应抗肿瘤反应、并增强所述溶瘤病毒的抗癌活性的作用。提供了肠道微生物群和病毒的组合及其用于治疗和预防癌症的用途。本公开还提供了通过对人类肠道微生物组的基因组谱进行分层聚类分析(hierarchical clustering analysis)来建立优良反应者选择平台。

相关申请

本申请在35U.S.C.§119(e)下要求于2016年3月28日提交的美国临时申请系列号62/390,395的优先权。本申请的内容通过提及全部并入本文。

技术领域

本公开提供了用于向受试者施用肠道微生物群和溶瘤病毒的方法。还提供了病毒和肠道微生物群的组合及其用于治疗和预防癌症的用途。

背景技术

癌症是一类以恶性细胞的不受控制的生长为特征的疾病。有超过一百种癌症影响一大部分人群，约占所有死亡人数的约13％。2012年，全球有超过820万人死于癌症，预计到2030年该数字将猛增至1300万。2012年全球确诊的新癌症病例数为1410万，其中58％的新癌症病例发现于如美国等发达国家。在0至14岁儿童中，2012年诊断出估计有163,300个新病例，其中约80,000例导致死亡(WHO,World Health Report 2014；National Center forHealth Statistics,2014；ACS,Global Cancer Facts&Figures,2015)。

目前现有的癌症治疗包括放疗、手术、化疗、靶向治疗、免疫治疗、基于溶瘤病毒(OV)的治疗，或上述的组合(ACS,Global Cancer Facts&Figures,2015)。患者对治疗的反应取决于特定的癌症类型、疾病分期和正在使用的特定疗法，这可能决定患者的总生存时间(National Center for Health Statistics,2014)。不幸的是，只有少数患者可以被上述治疗中的一种完全治愈(WHO,World Health Report,2014)。癌症晚期通常伴随着癌症转移，即原发性癌症从其起源部位到身体其他部位的转移，大部分癌症死亡是癌症转移导致的(National Comprehensive Cancer Network,What is Metastasized Cancer？,2016)。癌症与年老高度相关(Coleman&Rubinas，Elsevier Academic Press，p.66,2009)，这突出了由于人口老龄化而开发有效治疗的紧迫性。

最近在DNA测序和生物信息学方面的技术进步使得仔细分析来自不同患者的样品的基因组畸变谱成为可能。这些分析揭示了人类肿瘤中存在广泛的患者间和肿瘤内异质性，并且正在发生克隆适应(clonal adaptation)，包括多种空间和时间上分离的、具有不同的司机突变和乘客突变景观，角色不断转换的亚克隆(Lipinski，Trends Cancer 2(1):49-63，2016)。这一发现表明，癌症是一个随机且不断演化的过程，在给定肿瘤内克隆与克隆之间，甚至细胞与细胞之间突变负荷数量和组成都有所变化(Shlien et al.,Nat.Genet.47,257–262,2015)。这可能会影响个体癌症对治疗的不同反应，并可解释耐药性和某些临床失败的发展过程。这种现象当然令人们对一种广泛使用的治疗策略——其通过精确的分子靶向来治疗动态演化的肿瘤“生物体”——的可行性提出了质疑，并且对更具系统性的方法提出了需求。“精确疗法”是那些结合确定分子靶点的疗法，包括大多数化疗、使用单克隆抗体的体液免疫疗法和最近发展的嵌合抗原受体T(Car T)细胞疗法。另一方面，“系统性治疗”是那些依赖于宿主免疫系统的全身性激活(包括免疫细胞疗法(CIK，NK，TIL等)，检查点抑制剂疗法和OV疗法)的治疗。“精确疗法”带来的缓解往往是相对短暂的，而“系统治疗”通常会提供良好水平的长期缓解，其可能导致为长期生存。