[发明专利]基于AllGlo探针的VKORC1基因多态性检测分型试剂盒及其分型方法

说明书

技术领域

本发明涉及单核苷酸多态性(SNP)，尤其是涉及一种基于AllGlo探针的VKORC1基因多 态性检测分型试剂盒及其分型方法。

背景技术

单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核 苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。SNPs在人 类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚 至更多。作为第三代遗传标志，SNP与人体许多表型差异、药物易感性与疾病易感性密切相 关。SNP在基因组中的大量存在，使其成为一个强有力的工具，在疾病定位与克隆、药物的 设计和测试以及生物学的基础研究中起了非常重要的作用。

个体化诊断治疗是未来医学发展的大方向。将个体化的靶点定位于某个基因，甚至是单 个核苷酸，发现疾病的遗传标志物，将有助于根据每个患者的不同遗传背景来开展疾病预防、 诊断和治疗。基因的SNP是形成个体间差异的重要遗传学基础,通过SNP与疾病和药物治疗 的关联性分析，使得医生不仅可以通过所检测出的SNP预测、确定与疾病有关的基因，同时 也将能够事先把握患者个体对于某种药物的反应特点，并根据这一特点选择治疗效果最好， 不良反应等危险性最小的药物对患者进行精准治疗。

SNP在疾病的预防、诊断、治疗及个体化医学发展中扮演着重要的角色，因此准确快速 的进行SNP检测分型具有重大的意义。

目前，SNP分型的方法主要有直接测序技术法、限制性片段长度多态性技术(RFLP)、 Tagman荧光探针法、扩增阻滞突变系统(ARMS)、高分辨熔解曲线分析法(HRM)等。其 中，直接测序法是目前最直观，准确性相对而言最高的SNP分型方法，但其步骤多而分散， 成本较高，工作量大，周期长，价格昂贵，不适合大样本多位点检测；限制性片段长度多态 性技术(RFLP)作为一种最早的DNA标记技术，对仪器要求低，只需要一台PCR仪以及电 泳仪器即可进行实验，但其实验操作繁琐，检测周期长，不适合大样本检测；Tagman荧光探 针法准确度较好，但其设计合成程序复杂，并且不适合多位点少量样本的分型，尤其是频率 偏低的位点；扩增阻滞突变系统(ARMS法)快速、简便，但是不能闭管操作，对基因多态 性分析难以实现高通量、自动化；高分辨熔解曲线分析法(HRM)具有简单、快速等优点， 但该方法特异性不足，仪器选择少。

AllGlo探针作为新一代的荧光探针，在具备TaqMan-MGB探针优点的基础上，大大提高 信噪比，减少背景荧光信号。目前，AllGlo探针已经成功应用于检测疱疹病毒、乙型肝炎病 毒基因突变(Feng,Z.L.Yu,X.Y.Lu,Z.M.Geng,D.Y.Zhang,L.Chen,S.J.Rapiddetectionofthe hepatitisBvirusYMDDmutantusingAllGlo^TMprobes[J].ClinChimActa,2011，412(11-12)： 1018-1021)、侵袭性曲霉菌病(Wu,D.S.Shen,J.Z.Zhou,X.Q.Shen,S.F.Wu,X.M.The establishmentandevaluationofdiagnosticaccuracyofAllGlo(TM)probe-basedtechniquesfor invasiveaspergillosis[J].ZhonghuaNeiKeZaZhi,2010,49(2):142-145)。