[发明专利]基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测方法与装置

权利要求书

1.一种基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测方法，其特征在于包括以下步骤：

输入一段核糖核酸碱基序列；

定义k茎、半扩展结构；

建立包含k茎和半扩展结构的核糖核酸假结结构表示模型并计算出模型的最小能量；

根据最小能量原理，输出核糖核酸假结结构。

2.根据权利要求1所述的基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测方法，其特征在于：一个半扩展结构由两个核糖核酸序列片断s_i,k和s_l,j构成，i<k<l<j。

3.根据权利要求2所述的基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测方法，其特征在于：两个核糖核酸序列片断中可存在p和q，i<p<q<k，使s_p,q和s_l,j构成k茎，F[i,k:j]为其最优半扩展结构。

4.根据权利要求2所述的基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测方法，其特征在于：两个核糖核酸序列片断中可存在p和q，l<p<q<j，使s_p,q和s_i,k构成k茎，F[i:l,j]为其最优半扩展结构。

5.根据权利要求1所述的基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测方法，其特征在于：W(i,j)为子序列s_i,j对应的包含假结的二级结构S的最小能量，计算W(i,j)的情况包括：碱基s_i是和s_j都是未配对碱基；s_i和s_j不构成基对(i,j)且在不同子序列s_i,k和s_k+1,j对应的二级结构中，i<k<j；V(i,j)为子序列s_i,j对应的包含假结的二级结构S的最小能量，计算V(i,j)的情况包括：s_i和s_j构成基对(i,j)；s_i,j由一个半扩展结构和一个子序列构成；s_i,j由一个半扩展结构和一个子序列构成。

6.根据权利要求1所述的基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测方法，其特征在于：V(i,j)是s_i和s_j构成基对(i,j)时，子序列s_i,j对应的包含假结的二级结构S的最小能量，计算V(i,j)情况包括：S是由基对(i,j)封闭的1环，或者S是由基对(i,j)和(k,l)封闭的2环，或者S是k环(k≥3)或者假结结构，i<k<j。

7.根据权利要求1所述的基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测方法，其特征在于：计算一个半扩展结构的情况包括：一个半扩展结构由另一个半扩展结构和一个未配对碱基构成，一个半扩展结构由另一个半扩展结构和一个子序列构成，一个半扩展结构由另外的两个半扩展结构构成，一个半扩展结构是一个k茎或2环。

8.根据权利要求1所述的基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测方法，其特征在于：使用动态规划法计算W(i,j)、V(i,j)和半扩展结构的最小能量。

9.一种基于半扩展结构的核糖核酸假结结构的预测装置，其特征在于包括：

输入单元，其输入一段核糖核酸碱基序列；

初始化单元，其定义k茎和半扩展结构；

存储单元，其存储建立的包含k茎和半扩展结构的核糖核酸假结结构表示模型和相应的最小能量的计算式；

输出单元，其根据最小能量原理，输出核糖核酸碱基序列的RNA结构。