[发明专利]蛋白质分类模型构建方法和装置有效
| 申请号: | 201510001626.9 | 申请日: | 2015-01-05 |
| 公开(公告)号: | CN104794370B | 公开(公告)日: | 2018-07-13 |
| 发明(设计)人: | 刘伟;孙志强;宫二玲 | 申请(专利权)人: | 中国人民解放军国防科学技术大学 |
| 主分类号: | G06F19/12 | 分类号: | G06F19/12;G06F19/18 |
| 代理公司: | 长沙智嵘专利代理事务所 43211 | 代理人: | 黄子平 |
| 地址: | 410073 湖*** | 国省代码: | 湖南;43 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 蛋白质分类 方法和装置 模型构建 预测模型 构建 蛋白质 采集 贝叶斯分类器 基因表达蛋白 基因表达数据 组织特异表达 分类模型 分类特征 预测结果 种蛋白质 注释信息 显著性 分类 阴性 | ||
1.一种蛋白质分类模型构建方法,其特征在于,包括:
获取组织表达蛋白质分类特征;
根据所述分类特征得到组织特异表达蛋白质的预测模型;以及
根据所述预测模型对蛋白质进行分类;
获取组织表达蛋白质的分类特征包括:
查询组织特异表达的蛋白质,得到标准阳性数据集;
查询组织广泛表达的蛋白质,得到标准阴性数据集;
计算所述标准阳性数据集和所述标准阴性数据集中蛋白质间差异显著性;
提取在所述标准阳性数据集和所述标准阴性数据集中具有蛋白质间差异显著性的特征作为分类特征。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,获取组织表达蛋白质分类特征包括:
获取基因芯片数据;以及
从所述基因芯片数据中提取所述分类特征。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,根据所述分类特征得到组织特异表达蛋白质的预测模型包括:
计算所述分类特征的似然比;以及
由所述似然比得到所述预测模型。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,根据所述预测模型对蛋白质进行分类包括:
获取样品集中的待分类蛋白质;
通过所述预测模型对所述待分类蛋白质进行分类,并获取所述预测模型的分类结果;以及
利用待检测蛋白质验证所述分类结果的准确性。
5.一种蛋白质分类模型构建装置,其特征在于,包括
获取单元,用于获取组织表达蛋白质的分类特征;
生成单元,用于根据所述分类特征得到组织特异表达蛋白质的预测模型;以及
检测单元,用于根据所述预测模型对蛋白质进行分类;
所述获取单元包括:
第一查询模块,用于查询组织特异表达的蛋白质,得到标准阳性数据集;
第二查询模块,用于查询广泛组织表达的蛋白质,得到标准阴性数据集;
第一计算模块,用于计算所述标准阳性数据集和所述标准阴性数据集中蛋白质间差异显著性;以及
第一提取模块,用于提取在所述标准阳性数据集和所述标准阴性数据集中具有蛋白质间差异显著性的特征作为分类特征。
6.根据权利要求5所述的装置,其特征在于,生成单元包括:
获取模块,用于获取基因芯片数据;以及
第二提取模块,用于从所述基因芯片数据中提取所述分类特征。
7.根据权利要求5所述的装置,其特征在于,所述生成单元包括:
计算模块,用于计算所述分类特征的似然比;以及
生成模块,用于由所述似然比得到所述预测模型。
8.根据权利要求5所述的装置,其特征在于,还包括:
取样单元,用于获取样品集中的待分类蛋白质;
分类单元,用于通过所述预测模型对所述待分类蛋白质进行分类,并获取所述预测模型的分类结果;以及
验证单元,用于利用待检测蛋白质验证所述分类结果的准确性。
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G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用





