[发明专利]系统性红斑狼疮外周血单个核细胞超保守区域转录表达基因模型的构建方法与应用

说明书

【技术领域】

本发明涉及系统性红斑狼疮领域，尤其涉及一种系统性红斑狼疮外周血单个核细胞超保守区域转录表达基因模型的构建方法与应用。

【背景技术】

系统性红斑狼疮（Systemic lupus erythematosus，SLE）是一种与弥漫性结缔组织相关的典型的全身性自身免疫病，其具有重要的特征是发生免疫炎症。SLE的发病机制复杂，涉及家族遗传，免疫和环境因素等，可能会导致组织和器官的损害，其中最复杂的是肾功能损害。

最近研究发现，在人、小鼠和大鼠基因中极度保守的长段非编码基因区域，命名为超保守区域(ultra-conserved regions，UCRs)。UCR为长约200～779bp的序列，最初于2004年由Bejerano发现。UCR常位于肿瘤相关的基因区域或脆性位点。UCR编码的一群特殊的非编码核糖核酸（ncRNA），称为超保守区域转录子（transcribed ultraconserved regions,T-UCRs），在人肿瘤中其表达发生变化。T-UCR是长链非编码核糖核酸（Long-noncoding RNA，lncRNA）重要组成部分，转录自人类基因组中481个极度保守区域（Ultraconserved regions），在白血病、肝癌、结肠癌、神经母细胞瘤等多种癌症中会改变表达模式。这表明，T-UCRs参与癌症生物学和肿瘤发生，并有可能作为疾病诊断，预后和预测的指标，以及一类新的治疗靶点。

但是，T-UCRs尚未有应用于SLE的研究。

【发明内容】

有鉴于此，有必要提出系统性红斑狼疮外周血单个核细胞超保守区域转录表达基因模型的构建方法与应用。

本发明的一个技术方案是系统性红斑狼疮外周血单个核细胞超保守区域转录表达基因模型的构建方法，其包括以下步骤：S1，设置系统性红斑狼疮组与正常对照组，每组包括若干份相异人体的已经脱离人体的全血标本，分别分离得到外周血单个核细胞；S2，测定标本核糖核酸的含量、质量与完整性，确定可用，则执行下一步骤；S3，采用超保守区域转录子芯片分析人体超保守区域转录子表达水平，检测基因特异性探针标记的超保守区域基因；S4，进行核糖核酸标记和芯片杂交；S5，采用特征提取方法，分析获得的芯片扫描结果，过滤低强度表达的探针，将原始信号探针的强度进行归一化；S6，采用倍数变化方法过滤鉴定差异表达的潜在的超保守区域转录子及与其重叠超保守区域的核糖核酸转录子，并采用基因本体论方法分析测定与超保守区域相关联的差异性的信使核糖核酸在生物进程中的作用；S7，比较所述系统性红斑狼疮组与所述正常对照组中各标本间的倍数变化，筛选出表达差异的核糖核酸。

优选的，所述构建方法中，步骤S2中，采用全波长超微量分光光度计测定标本核糖核酸的含量与质量，用琼脂凝胶电泳评估标本核糖核酸的完整性。

优选的，所述构建方法中，步骤S3中，在各超保守区域基因的两端分别添加1kb的片段，然后用40bp的特异性探针标记。

优选的，所述构建方法中，步骤S4中，采用单色芯片基底基因表达分析方案进行核糖核酸标记和芯片杂交，把信使核糖核酸和长链非编码核糖核酸在去除核糖体核糖核酸后从总核糖核酸中纯化出来。

优选的，所述构建方法中，步骤S5中，筛选出至少1/3样本的信使核糖核酸和长链非编码核糖核酸。

优选的，所述构建方法中，步骤S7中，设置所述倍数变化的阈值≥2.0。

优选的，所述构建方法中，所述基因模型中，包括表达上调的8个超保守区域转录子，以及表达下调的29个超保守区域转录子，并且，各所述超保守区域转录子均为外显子。

优选的，所述构建方法中，表达上调的8个超保守区域转录子包括uc.285+、uc.234+、uc.102+、uc.341+、uc.267+、uc.221-、uc.290-以及uc.90+，表达下调的32个超保守区域转录子包括uc.101-、uc.138-、uc.141-、uc.144-、uc.151-、uc.166-、uc.173+、uc.185-、uc.186-、uc.208-、uc.209-、uc.266+、uc.267+、uc.268-、uc.276+、uc.280+、uc.28+、uc.324-、uc.36+、uc.418-、uc.419-、uc.420-、uc.45-、uc.455-、uc.457-、uc.46-、uc.475+、uc.50-、uc.61-、uc.63-、uc.77-以及uc.97+。