[发明专利]针对编码功能蛋白的变体筛选多核苷酸文库

权利要求书

1.一种针对可能编码功能多肽的多核苷酸而对多个多核苷酸进行富集并对该富集的多个多核苷酸进行筛选的方法，该方法包括：

(a)提供编码一种多肽的变体的多个多核苷酸，其中这些多核苷酸中的至少一些编码一种具有至少一种活性的多肽；

(b)从这些多核苷酸产生多肽；

(c)确定这些多肽是否可溶；

(d)选择这些编码可溶性多肽的多核苷酸，以形成富集的多个多核苷酸；并且

(e)针对编码具有该活性的多肽的多核苷酸筛选该富集的多个多核苷酸。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述选择产生编码一种具有该活性的多肽的多核苷酸的至少2倍富集或其中所述选择产生编码一种具有该活性的多肽的多核苷酸的至少选自下组的富集程度，该组由以下各项组成：5倍、10倍、15倍、20倍、25倍、30倍、35倍、40倍、45倍、50倍、55倍、60倍、65倍、70倍、75倍、80倍、85倍、90倍、95倍、100倍、10³倍、10⁴倍、10⁵倍、10⁶倍、10⁸倍以及10⁹倍的富集。

3.一种关于可能编码功能多肽的多核苷酸的水平而比较多核苷酸的至少两个文库的方法，该方法包括：

(a)提供编码同一多肽的变体的多核苷酸的至少两个不同文库；

(b)针对每一多个多核苷酸：

(i)从这些多核苷酸产生多肽；并且

(ii)确定这些多肽是否可溶；并且

(c)将具有最高水平的可溶性多肽的多个多核苷酸鉴定为包含最高水平的可能编码功能多肽的多核苷酸的多个多核苷酸。

4.如权利要求3所述的方法，其中每一多个多核苷酸都包括至少一些编码一种具有至少一种活性的多肽的多核苷酸，并且该方法另外包括针对编码具有该活性的多肽的多核苷酸筛选该鉴定的多个多核苷酸。

5.如任何以上权利要求所述的方法，其中(b)的产生包括在宿主细胞中表达这些多肽。

6.如权利要求5所述的方法，其中将这些多肽在宿主细胞中表达为融合蛋白，其中该融合蛋白还包括一个溶解度报告部分。

7.如权利要求6所述的方法，其中该宿主细胞表达一种互补多肽，该互补多肽能够结合至融合蛋白的溶解度报告部分，以产生一种可检测的蛋白质复合物。

8.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中(b)的产生包括在一种反应混合物中表达这些多肽，该反应混合物包括用于体外转录/翻译的组分。

9.如权利要求8所述的方法，其中将这些多肽表达为融合蛋白，其中每种融合蛋白都包括一个或多个溶解度报告部分，该一个或多个溶解度报告部分包括：

多肽附接标签，该标签能够与该多个多核苷酸中的多核苷酸形成共价键，或以其他方式结合至其上；以及

多肽亲和标签。

10.一种筛选有助于蛋白质折叠的分子伴侣的方法，该方法包括：

(a)在宿主细胞中或在体外反应混合物中表达一种融合蛋白，其中该融合蛋白包括一个趋于错误折叠或凝集的部分，其中该部分被连接至一个或多个溶解度报告部分，并且其中该宿主细胞或体外反应混合物还包括或产生一种潜在的分子伴侣；

(b)确定该融合蛋白是否可溶；

(c)如果该融合蛋白是可溶的，则将该潜在的分子伴侣鉴定为有助于该融合蛋白的折叠的分子伴侣。

11.如权利要求10所述的方法，其中在多个宿主细胞或体外反应混合物中表达该融合蛋白，并且不同宿主细胞或反应混合物分别包括或产生不同的潜在的分子伴侣，并且其中，当在体外反应混合物中表达该融合蛋白时，至少约20％的这些反应混合物中每反应混合物包括或产生一种或更少的所述潜在的分子伴侣。

12.如权利要求11所述的方法，其中这些潜在的分子伴侣表达自选自以下各项的多核苷酸集：编码已知分子伴侣多肽的集，编码一种或多种已知分子伴侣多肽的变体的集，编码肽的集，来源于来自植物或动物的样品或来源于环境样品的集，或者这些潜在的分子伴侣包括选自以下各项的小分子集：多个已知小分子分子伴侣，一种或多种已知小分子分子伴侣的多个变体，和多个小分子，其中在该小分子集中的每个小分子都被连接至一个独特的多核苷酸条码。