[发明专利]检测大豆种质资源的引物、探针和检测方法

说明书

技术领域

本申请涉及核酸分子检测领域，特别是涉及用于检测大豆种质资源的引物、探针和检测方法。

背景技术

据海关总署发布的数据称，2012年进口大豆5838万吨，增长11.2%；与此同时，国内的大豆生产和加工不断萎缩，2011年国内大豆产量仅1千余万吨，我国大豆对外依存度达到80%。在这种背景下，我国大豆进口量逐年增长。因此，对大豆种质资源的检测也显得尤为重要。另外，随着转基因农产品的流行，在对转基因大豆及转基因大豆源性的加工产品的检测过程中，也会用到大豆种质资源检测。

UNK2基因来源于华盛顿大学医学院承担的大豆EST（expressed sequence tags）公共项目而构建的大豆cDNA文库。Ruibo Hu(2009)等在筛选大豆定量RT-PCR（qRT-PCR）内源基因时发现基因UNK2在大豆不同组织、不同发育期和各种环境条件下的表达非常稳定，这表明该基因是大豆的一种管家基因（home keeping）。因该基因的功能未知，故取名unknown，即UNK2基因。

发明内容

本申请的目的是对UNK2基因进行研究，以期提供一种新的大豆种质资源检测的引物、探针和检测方法。

为了实现上述目的，本申请采用了以下技术方案：

本申请的一方面公布了检测大豆种质资源的引物，该引物包括第一引物对、第二引物对中的至少一对引物；第一引物对的上游/下游引物分别含有Seq IDNo.1所示序列和Seq ID No.2所示序列；第二引物对的上游/下游引物分别含有Seq ID No.3所示序列和Seq ID No.4所示序列；

Seq ID No.1：5’-gctatggaacgagaagtagttgagagt-3’

Seq ID No.2：5’-agctgcactatctttgtggaaggtaa-3’

Seq ID No.3：5’-aaacttgagcaggtatccagaggcc-3’

Seq ID No.4：5’-ggatgctttacaaacctttcacaccttgt-3’。

需要说明的是，本申请所设计的两对引物都是针对大豆种质资源设计的特异性检测引物。

本申请的另一方面公布了本申请的引物在大豆种质资源检测中的应用，其中，大豆种质资源检测包括基于常规PCR或实时荧光PCR的检测。需要说明的是，本申请的引物是针对大豆种质资源设计的特异性检测引物；可以理解，这些引物除了可以直接用于一般的常规PCR检测或实时荧光PCR检测以外，同样的，可以用于基因芯片检测或DHPLC中，用以扩大检测信号；或者，用于其它的以常规PCR或实时荧光PCR为基础的检测方法。

本申请的另一方面公布了检测大豆种质资源的探针，该探针与本申请的第二引物对配合使用，用于大豆种质资源的实时荧光PCR检测；探针含有Seq ID No.5所示序列；

Seq ID No.5：5’-cagagcacagcccaatcagactccaaa-3’。

优选的，探针的5’端含有FAM荧光标记。需要说明的是，实时荧光PCR检测探针的荧光标记有很多种，荧光标记的选择通常都是根据具体所采用的检测仪器而定的；而实时荧光PCR仪中通常都含有的FAM荧光检测通道，因此，本申请的优选方案中使用FAM荧光标记本申请的探针。

本申请的另一方面公布了一种大豆种质资源的常规PCR检测方法，包括采用本申请的两对引物中的至少一对，以大豆UNK2基因为模板进行常规PCR扩增。需要说明的是，本申请所设计的两对引物都是针对大豆种质资源设计的特异性检测引物；因此，都可以用于常规PCR扩增检测。

本申请的另一方面公布了一种大豆种质资源的实时荧光PCR检测方法，包括本申请的引物，以大豆UNK2基因为模板进行实时荧光PCR扩增。需要说明的是，实时荧光PCR检测分为两大类，第一大类为荧光染料法，第二大类为探针法；荧光染料法，以SYBR Green荧光染料为例，该染料在游离状态下发出微弱的荧光，而结合于双链DNA的小沟区域后具有绿色激发波长，从而实现实时检测PCR的扩增情况；由于本申请的两对引物都是特异性的引物，因此，可以结合荧光染料直接进行实时荧光PCR检测。用于本申请的实时荧光PCR的荧光染料采用常规使用的荧光染料即可，在本申请不做具体限定。