[发明专利]结直肠和乳腺癌诊断方法中的DNA甲基化

说明书

技术领域

本发明一般地涉及这样的核酸分子，对于所述核酸分子之DNA甲基化水平的变化指示赘生物(neoplasm)的发生或发生倾向。更特别地，本发明涉及这样的核酸分子，对于所述核酸分子之DNA甲基化水平的变化指示大肠或乳腺赘生物(例如腺瘤或腺癌)的发生和/或进展。本发明的DNA甲基化状态可用于一系列应用，包括但不限于涉及诊断和/或监测结直肠或乳腺赘生物(例如结直肠或乳腺腺癌)的那些应用。因此，在一个相关方面中，本发明涉及通过筛选一种或更多种核酸分子的DNA甲基化中的调节来筛选赘生物发生、发生倾向和/或进展的方法。

背景技术

结直肠癌包括结肠、直肠和阑尾中的癌性生长。全世界每年有655,000例死亡，其是美国第四常见的癌症形式并且是西方世界癌症相关死亡的第三大主要原因。结直肠癌产生于结肠中的腺瘤性息肉。这些蘑菇形生长物通常是良性的，但是有一些随时间发展为癌症。局部结肠癌通常通过结肠镜检查来诊断。限制在结肠壁内的侵袭性癌(TNM I期和II期)可通过外科手术治愈。如果未经治疗，则它们扩散至局部淋巴结(III期)，其中多至73％可通过外科手术和化学治疗来治愈。虽然化学治疗可延长存活，并且在罕见的情况下外科手术和化学治疗一起使患者得到治愈，但是转移至远端部位的癌症(IV期)通常是不可治愈的(Markowitz和Bertagnolli，2009，N. Engl.J.Med.361(25)：2449-60)。对直肠癌使用辐射。

乳腺癌是起源于乳腺组织(最常起源于乳管的内衬或为所述管供应乳汁的小叶)的癌症类型。起源于导管的癌症称为导管癌，而起源于小叶的那些癌症称为小叶癌。虽然绝大多数情况发生在女性中，但是也可发生男性乳腺癌。

在全世界范围内，乳腺癌在女性中占据所有癌症的22.9％，并且在女性中比在男性中常见100倍，但是男性由于诊断延迟而倾向于具有更不良的后果。乳腺癌的预后和存活率根据患者的癌症类型、分期、治疗和地理位置变化很大。西方世界的存活率较高；例如，在英格兰诊断有乳腺癌的10名妇女中有多于8名(84％)存活至少5年。但是，在发展中国家中，存活率要差得多。

许多癌症之前是腺瘤。腺瘤是上皮来源的良性肿瘤或赘生物，其来源于腺组织或者表现出明确限定的腺结构。一些腺瘤显示出可识别的组织元件，如纤维组织(纤维腺瘤)和上皮结构，而其他腺瘤例如支气管腺瘤产生可引起临床综合征的活性化合物。

腺瘤可发展变为侵袭性肿瘤，则称为腺癌。因此，腺癌定义为起源于腺结构(其是身体许多器官的构成部分)的恶性上皮肿瘤。术语腺癌也适用于显示出腺生长模式的肿瘤。这些肿瘤可根据它们产生的物质被亚分类为例如黏液分泌性腺癌和浆液性腺癌，或者根据其细胞微观排列成的模式亚分类为例如乳头状腺癌和滤泡状腺癌。这些癌可以是实体的或囊性的(囊腺癌)。每种器官可产生表现出多种组织学类型的肿瘤，例如卵巢可产生黏液腺癌和囊腺癌。

不同器官中的腺瘤表现得不同。一般来说，存在于腺瘤内的癌(即，发生在良性病变内的癌症灶)的总体几率为约5％。但是，这与腺瘤的大小有关。例如，在大肠(具体为结肠和直肠)中，在小于1厘米的腺瘤中发生腺瘤内癌症十分罕见。这种发生在大于4厘米并且显示出某些组织病理学改变(如绒毛改变或高等级非典型性增生(dysplasia))的腺瘤中估计为40％至50％。具有更高程度异型增生的腺瘤具有更高的癌发病率。在任意给定的结直肠腺瘤中，器官中现在存在癌症或将来发生癌症的预测指标包括大小(尤其是大于9mm)、由管状形态改变为绒毛形态的程度、高等级异型增生的存在以及描述为“锯齿状(serrated)腺瘤”的形态变化。在任意给定的个体中，另一些特征(年龄增加、结直肠腺瘤或癌的家族性发生、男性或腺瘤多样性)预测了器官中癌症未来提高的风险——所谓的癌症风险因素。除了腺瘤的存在及其大小之外，这些因素都不是客观定义的，并且除数目和大小之外的所有那些因素具有观察者误差并且具有对于所涉特征之精确定义的混乱。因为这些因素可能难以评估和定义，其值作为癌症现在或将来风险的预测指标是不精确的。

一旦形成了散发性腺瘤之后，新腺瘤发生的机会在26个月内为约30％。

结直肠癌的症状取决于肿瘤在肠中的位置以及其是否已转移。遗憾的是，许多症状也可出现在其他疾病中，因此症状可能不是结直肠癌的决定性诊断。